北京西城治疗脑炎后遗症比较好的三甲医院有1、首都医科大学宣武医院，2、北京积水潭医院，3、首都医科大学附属北京友谊医院，4、北京市回民医院等，脑炎后遗症属于神经内科，首都医科大学宣武医院神经内科疾病医疗设施齐全，在神经内科疾病治疗方面有着丰富的经验；北京积水潭医院神经内科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名首都医科大学宣武医院神经内科
首都医科大学宣武医院创建于1958年，是一所以神经科学和老年医学的临床与研究为重点，以治疗心脑血管疾患为特色，承担医疗、教育、科研、预防、保健和康复任务的大型三级甲等综合医院。是新中国神经科学的初创基地和培育神经科学人才的摇篮之一,在国内有着重要学术地位。受国家卫生部委托，医院承办全国神经内科医师进修班、神经外科医师进修班、神经放射医师进修班，是国家级继续医学教育培训基地。
第二名北京积水潭医院神经内科
北京积水潭医院是一家王府花园式医院。以骨科和烧伤科为重点学科，内、外、妇、 眼、口腔、耳鼻喉、皮肤性病、中医内科、中医正骨、针灸、理疗康复科等并驾齐驱的三级甲等综合性医院(北京积水潭医院是北京市直属差额拨款事业单位，事业编制2900人。医院设有职能处室16个，其中内设管理部门5个，设有临床及医技科室53个，现实有在岗人员2519人，有院级领导9人，职能部门中层领导30人)。
第三名首都医科大学附属北京友谊医院神经内科
首都医科大学附属北京友谊医院原名为北京苏联红十字医院，始建于1952年。医院设有北京市临床医学研究所、北京热带医学研究所、北京市中西医结合研究所和北京市卫生局泌尿外科研究所，拥有一批学科带头人和技术骨干。胃肠肝胆胰疾病诊治、泌尿系统疾病诊治和肾移植、热带病和寄生虫病诊治以及中西医结合是医院的四大专业特色。内科学(消化系病)是国家重点(培育)学科;消化内科、临床护理、地方病(热带医学)、普通外科、重症医学科、老年病科、检验科、病理科获批国家临床重点专科。
第四名北京市回民医院神经内科
北京市回民医院始建于1947年，其前身是中国回教协会北京分会创办的“普慈施门诊部”。1949年更名为北京市回民医院，是一家具有民族特色的公立医院。医院历史上经过四次较大规模的改扩建,逐步发展为科室齐全的中西医结合（民族）医院。 [收起]