感染科前身是解放军172医院传染科，于1987年与福州总医院合并为福州总医院传染科。现福州总医院感染科处于福州市梅峰路2号福州总医院第二住院部，是福州总医院主要科室，第二住院部重点科室。科室座落在梅峰山脚下，是市区依山别墅式的肝病治疗基地。
　　感染科现为第二军医大学、福建医科大学、福建中医学院传染病临床教学中心，福州总医院肝胆病中心（第二住院部）、器官移植后肝病中心，解放军302医院技术协作规范单位，福建中医学院、安徽医科大学硕士研究生培养点。科室以诊治肝炎、肝硬化为主项，对各型病毒性肝炎、肝炎后肝硬化、及其他感染性疾病和发热性疾病诊断、治疗具有丰富的经验。
　　感染科有主任医师2名，副主任医师2名，博士1名，硕士2名。在近5年间共获得省级及军区科技进步成果奖3项，承担院内基金4项，福建省青年科技基金1项，论文40余篇，其中在国际著名期刊（SCI收录）发表论文3篇。
　　感染科在妊娠期肝病、器官移植后肝病和病毒性肝炎治疗方面有多项突破。采用人工肝等先进的治疗手段，辅助中西医结合治疗及免疫平衡和抗病毒等综合治疗，使重型肝炎治愈率大大提高，处于国内领先水平，成为科室特色。
　　一、慢性乙肝抗病毒治疗：抗病毒治疗是治疗慢性乙肝的重要手段。我科在乙肝抗病毒治疗方面积累了丰富的经验，严格把握慢性乙肝抗病毒治疗的时机和对象，在抗病毒治疗基础上，结合中医药调理和免疫调理，明显提高了抗病毒治疗的应答率和有效率。特别是科室以宿主免疫应答为基础，建立了合理有效的抗病毒治疗的预测指标，使治疗更加科学规范。
　　二、重型肝炎治疗：采用人工肝并结合中西医治疗及免疫平衡和抗病毒等综合治疗，并且使重型肝炎治愈率大大提高，成立重症肝炎监护病房和专业医护队伍，治疗水平处于国内领先，成为科室特色。
　　三、器官移植后肝病的合理治疗：器官移植已成为治疗终末期脏器功能衰竭的唯一手段，但器官移植后患者因肝炎病毒的复发和再感染，长期免疫抑制剂的应用及排斥反应造成肝功能损害，已成为器官移植失败的重要因素。
　　感染科在总院泌尿外科及肝胆外科的大力协助下对此类疾病诊治积累了丰富的经验，提出以下治疗原则：1、首先明确致肝功能损害的因素：肝炎复发、排斥反应还是其他原因。2、针对病因个体化治疗。3、中西医结合治疗。4、正确把握调节免疫平衡的切迹点。近五年，科室治疗肾移植和肝移植术后肝病患者达600多例，有效率达95％以上，治愈率80％以上，已成为本科室的特色治疗。
　　四：“CIK”治疗慢性乙型肝炎技术：“CIK”是英文cytokine induced killer的简称，“CIK细胞”中文译名为“细胞因子诱导的杀伤细胞”。主要是通过全面提高人体的免疫应答达到治疗乙肝的目的，是目前最有潜力，也是临床治疗最为显著的细胞免疫治疗乙肝的技术。我科与于2009年底与解放军北京302医院协作，率先在省内开展此项技术，现已完成上百例患者的治疗，显示出明显的疗效。
　　五：妊娠期肝病治疗：科室积极加强同总院妇产科合作，对妊娠期重症病毒性肝炎、妊娠期急性脂肪肝危重症患者的救治积累了丰富的经验，并多次与省内和国内同行专家交流，在妇产科的协助下，对妊娠期肝病治疗在省内享有较高的声誉。