肝胆外科成立于2002年，现已发展为南京军区肝胆外科研究所及全军器官移植研究所，是南京军区及全军重点发展研究所，也是集医疗、科研和教学为一体的福建省规模最大、实力最强的肝胆外科之一。国家卫生部首批确认的具有肝移植资质单位。该研究所住院床位105张，2个病区，设普通病房、重症监护病房和移植特护病房。医护人员65名，现有以江艺教授为学科带头人的精干技术队伍，教授1人，副教授5人，主治医师7人，其中博士生导师1名，硕士生导师4名，博士8人，硕士3人。医生按技术特长分为肝移植、肝脏外科、胆道外科、脾胰外科、腔镜外科、甲状腺外科、超声介入外科六大医疗专业组。年住院病人3600人次左右，年手术量1900余例。对肝胆胰脾甲状腺外科疾病的综合诊治能力达到国内先进水平，在肝移植及腹腔联合器官移植等领域更是达到国内领先水平。“九五”以来，共获得军队和福建省科技成果二等奖五项，三等奖10项，编写专著4本，发表学术论文400余篇，SCI收录12篇。科内拥有德国肝移植器械2套，美国强生超声刀1台，德国狼牌和美国施乐辉腹腔镜各1套，日本人工肝1套，美国人工呼吸机2台，日本胆道镜1套、美国第三代Endocare氩氦刀1台、彩超及B超机各1台、床边血气分析仪一台、床边纤维支气管镜1一套，以及各种重症监护设备等，万元设备总价值1652万元。
　　一、肝移植外科
　　肝胆外科-肝移植外科99年以来，在科主任江艺教授的带领下已开展近400例临床肝移植，20例肝肾移植，9例胰肾联合移植，取得了良好疗效，现总存活率达80.5%。是福建省开展时间最早、例数最多、效果最好的单位。对急、慢性肝功能衰竭肝移植、肝癌肝移植、高龄病人肝移植和肝肾联合移植等均有丰富的临床经验。2例肝移植患者存活超过10年，并喜结良缘，成为世界首对换肝夫妻，创器官移植医学界奇迹。2004年9月成功开展亚洲首例肝胰肾三器官联合移植手术；2007年4月，成功开展福建省及南京军区首例成人活体肝移植;2008年10月，开展国内首例临床肝移植门静脉动脉化；2008年底，国内率先临床开展干细胞联合肝脏移植相关研究，取得较好临床疗效；近年来，开展乙肝相关肝移植受者术后乙肝复发相关机制的研究，开展拯救性肝移植40余例，取得良好疗效。2009年9月成功开展世界最高龄（84岁）肝移植。2011年成功开展国内首例儿童-儿童心死亡供肝肝移植1例。一次24小时同时成功开展5台肝移植，患者全部痊愈出院。
　　肝胆外科-肝移植外科针对肝移植围手术期多项技术进行了改进和创新，包括肝移植胆管引流方式改进；肝移植术中人工肝的应用；肝移植术后早期肠内营养的应用等。各项创新技术改善了肝移植患者的预后、提高了手术成功率，取得良好的疗效，受到广泛赞誉。《肝移植治疗肝癌及肝硬化》获2002年福建省科技进步二等奖；《穿孔术和颗粒酶B基因对肝移植急性排斥的早期诊断实验研究》获2004年福建省科技进步二等奖；2005年并获福建省及全军科技进步二等奖。腹腔联合器官移植的相关研究成果于2010年获得军队科技进步二等奖。目前仍在开展拯救性肝移植的临床应用基础研究，逆灌注法肝移植术对术后患者肝、肺、肾以及胆道等功能的影响，门静脉动脉化肝移植的相关系列研究，肝移植术后乙肝复发的相关研究等，干细胞联合肝移植治疗终末期肝病的研究，各项研究均已取得阶段性成果。
　　二、肝脏外科
　　肝胆外科-肝脏外科开展各种类型肝切除治疗肝癌、肝良性肿瘤、肝内胆管结石等500余例/年。由于肝移植技术在本研究所的快速发展和完善，大大带动了肝脏外科技术水平的日趋精湛。根据福建省以中晚期肝癌为主的特点，开展大肝癌切除、巨大肝癌切除和老年人肝癌切除。已开展极量肝切除、经典无血切肝技术、改良的简化无血切肝技术、半肝入肝血流阻断技术、原位切肝技术以及腹腔镜肝切除等。本研究所治疗肝脏肿瘤具有切除率高，术中出血少，手术时间短，并发症少，患者生存时间长，生活质量高等优点。肝癌以手术治疗为主，并辅助有效的综合与序贯治疗，如肝癌肝移植、肝癌氩氦刀治疗、肝癌超声引导下无水酒精瘤内注射、肝动脉栓塞介入治疗、肝癌生物免疫治疗等。肝癌的外科治疗达国内先进和省内领先水平。在肝脏外科的基础研究方面开展了肝癌的免疫细胞学研究和肿瘤的发生及转移的分子机理研究。初步研究表明，CD90与肝癌转移的机制与新生血管的形成有关，它可能参与了肿瘤细胞血行转移的过程，高水平的循环CD90阳性细胞数量意味着肿瘤干细胞血行播散，对肝癌的预后判断具有一定意义。同时开展了肝切除缺血再灌注损伤的细胞凋亡等研究。
　　三、微创外科
　　1、腹腔镜微创技术：92年我院开展腹腔镜胆囊切除以来，已成功开展腹腔镜胆囊切除4000余例，同时开展三孔法胆囊切除、针式腹腔镜胆囊切除、复杂性腹腔镜胆囊切除（急性胆囊炎和上腹部手术后胆囊切除等）、腹腔镜肝囊肿开窗术、腹腔镜阑尾切除、腹腔镜肠粘连松解术；在省内率先开展手助腹腔镜脾切除、腹腔镜肝叶切除术；近期开展的手助腹腔镜下贲门周围血管离断并巨大脾切除术在我国尚属首例，此类技术属国内领先水平，为我国外科微创技术填补了一项空白。腹腔镜手术具有创伤小、恢复快、切口美观、住院时间短、花钱少等优点。
　　2、腹部超声介入外科：本中心05年引进1台B超机，09年引进1台彩超机，科室自身培养超声介入医师，开展肝胆外科多项超声引导穿刺技术。目前我科针对绝大部分急性胆囊炎、急性胆管炎、胆源性胰腺炎患者均在超声引导下经皮经肝胆囊穿刺置管引流或经皮经肝胆管穿刺置管引流等介入治疗，使得急性炎症完全控制，以后择期行彻底性的手术；大部分肝脏脓肿行肝脓肿穿刺置管引流后无需开刀手术；部分恶性梗阻性黄疸的患者术前减黄治疗成为常规；超声引导下肝脏病变的穿刺活检、肝囊肿抽吸无水酒精注射治疗、术后胸腹水的穿刺引流、肝脏恶性肿瘤的氩氦刀冷冻消融治疗、晚期恶性梗阻性黄疸患者的经皮胆管支架植入术、肝癌无水酒精治疗、术中定位等介入治疗均由我科自己进行。每年超声介入治疗400例次以上。
　　3、氩氦刀治疗技术：2005年4月，我院描准科技前沿技术，在省内第一家引进美国Endocare第三代氩氦刀超冷系统。该系统的引进，给不能进行手术或不能耐受手术的肿瘤患者带来了新的治疗手段，目前共开展了400余例，取得了良好的效果。
　　四、胆道外科
　　肝胆外科-胆道外科在80年代初对肝内二、三级胆管解剖进行系列研究的基础上，在肝胆管结石和急性重症胆管炎进行了大量的临床工作，开展肝叶切除治疗肝内胆管结石；02年本研究所在华东地区首家引进日本PENTAX电子胆道镜，大大地降低了术中结石残留率。在省内率先开展“胆石症患者术后预留胆道通道”的临床研究，对结石复发的患者可通过预留通道行电子胆道镜取石，避免了再次手术给患者带来的痛苦。
　　肝胆外科-胆道外科开展肝门部胆管癌的肝移植治疗，最常生存已达8年余，常规行肝门部胆管癌根治性切除术，在省内率先开展门静脉部分动脉化治疗肝门部胆管癌联合肝动脉切除，提高了肝门部胆管癌的切除率，降低了肝切除联合肝动脉结扎后急性肝功能衰竭的发生率，取得良好临床效果，达到国内领先水平。对于恶性梗阻性黄疸的患者实施选择性的术前PTCD减黄，提高了肿瘤切除率及手术成功率；对于无法切除的患者实施经PTCD胆道支架植入术，该技术在福建省内达到领先水平。开展腹腔镜联合十二指肠镜微创治疗胆囊结石合并胆总管结石，取得良好的治疗效果。
　　五、胰脾外科
　　肝胆外科-胰脾外科在省内率先开展胰肾联合移植治疗糖尿病合并肾功能衰竭，目前已开展9例，最长生存已达10年余，此技术属省内领先水平、国家先进水平。开展保留胃十二指肠的胰头及壶腹周围癌的手术切除及保留脾脏的胰体尾切除等胰腺外科新技术。对急性重症胆源性胰腺炎施行早期超声引导下介入微创及血液滤过等先进治疗措施，后期再手术治疗，明显增加了治疗的安全系数，减少了手术并发症，而且明显降低了治疗费用。开展门静脉高压症的多种外科治疗，如贲门周围离断术、脾肾分流术、肠腔分流术、断流分流联合手术。
　　六、甲状腺外科
　　肝胆外科-甲状腺外科常规开展甲状腺疾病的外科手术治疗，年甲状腺手术400余例次。近年还开展了小切口甲状腺手术及腔镜下甲状腺手术，常规进行美容切口缝合，术后2-3天可以康复出院。
　　七、人工肝技术
　　肝胆外科人工肝技术引进日本Asashi株式会社的Plasauto-IQ人工肝支持系统，为肝移植围手术期与重症抢救患者行体外肝脏支持，取得了很好的疗效。人工肝支持系统运用血液滤过、血液灌流、血浆置换、血液吸附、血浆吸附、血浆成分分离等手段，部分替代肝脏的解毒及排泌功能，清除内毒素、细胞因子等造成肝外器官损伤的毒性物质，为重症患者的抢救与大器官移植提供了重大支持手段，人工肝技术为40余例急肝衰病人赢得急诊肝移植的机会。