妇科服务体系由妇科、妇女保健组成，针对妇女一生中所遇到的青春期、生育期、更年期等特殊的生理阶段，一切从妇女的生理规律、和健康需求出发，临床与保健相结合，为妇女提供妇女病普查、相关的健康教育，以及疾病诊治等系列化的优质服务。
　　嘉兴市妇幼保健院妇科是医院发展较快的科室，旗下的妇科微创外科是嘉兴市市重点学科，宫外孕、卵巢囊肿、子宫内膜异位、输卵管堵塞、子宫脱垂、子宫肌瘤等妇科常见疾病均能在腹腔镜下完成手术，腹腔镜附件手术达到全省先进水平;宫腔镜诊疗技术积累了10余年的临床经验;率先在省内开展用于治疗输卵管堵塞性不孕的宫-腹腔镜联合手术 ，成功率达到82.5％,2001年初，沪，杭两地妇产科专家一致评定该项技术达到国内先进水平，同年11月，该项技术又获得浙江省医学卫生科技创新二等奖。
　　嘉兴市妇幼保健院妇科肿瘤专科是医院的又一大特色分科，常规开展子宫肿瘤、卵巢肿瘤、盆腔包块等各类妇科良恶性肿瘤的综合性诊治，对子宫内膜癌、卵巢癌、宫颈癌等恶性肿瘤的手术及化学治疗颇有独到之处。该科开展的“带蒂黏膜下肌瘤经阴道内套圈结扎切除术”获浙江省科技创新三等奖。该院病理科的快速冰冻切片检查准确率在99％以上，也有力的支持了该科对妇科肿瘤进行早期诊断、早期治疗。
　　生殖医学中心开展精液自动分析、抗精子抗体测定、卵泡监测、内分泌全套激素测定、输卵管碘油造影、宫?腹腔镜联合手术、自夫人工授精、体外授精?胚胎移植、胚胎冷冻、卵内单精子显微注射术等几乎所有诊治不孕症的高新技术。本市首例”试管宝宝“于 2000年11月安全降生并茁壮成长。现该中心年门诊量1万2千余人次，不孕不育综合治愈率45％以上，达到国内先进水平。
　　乳腺科是医院的后起之秀，该科拥有乳房红外线检查仪、钼铑双靶X光仪等先进设备，配备经验丰富的医疗人员，结合近年国内外乳腺保健方面的先进技术和理念，以预防保健为主，开展对女性乳腺良、恶性疾病的普查、早期预防及治疗。2004年普查11260人，诊治9571人次。
　　宫颈疾病诊疗中心引进先进的电子阴道镜及Leep刀(子宫颈电圈环切刀)等先进设备，汇集了妇科、病理、阴道镜等方面的饿专业人士，运用先进的技术和手段为子宫颈疾病患者进行及时准确的筛查，做到早期诊断、早期治疗，提高了妇女的生活质量，深受女性朋友的欢迎。