神经外科是省部级、市级重点学科，硕士、博士培养点及博士后流动站。在著名神经外科学专家杜子威教授的关怀与支持下、在黄强教授的主持下，科室创建于1990年4月。经过20多年的艰苦创业，在黄强主任、兰青主任以及全体医护人员的共同努力下，学科不断发展壮大，在临床、科研、教学等方面都取得了突飞猛进的发展，和国内外神经外科界建立了广泛的联系，医教研水平得到国内同行的一致肯定，奠定了本科在国内神经外科界的地位。近五年科室规模不断扩大，现拥有床位60张，含独立的重症监护病房10张，为层流空气净化病房，有医护人员近70名，其中正高级职称4人，副高级职称6人，博士学位3人，硕士学位8人。
　　神经外科“以最小的手术创伤取得最佳的手术疗效”是当今微创外科发展的方向，也已成为附二院神经外科专业发展的宗旨。科室拥有处于世界领先水平的神经导航系统，并已常规开展了神经导航辅助的微创“锁孔”手术。神经内窥镜辅助显微“锁孔”手术是苏州大学附属第二医院神经外科常规开展的又一特色项目，是微创神经外科重要的辅助工具。近年来，科室在血管内介入治疗技术、功能神经外科、术中神经电生理监测等方向发展迅速，在苏州市开展了首例帕金森病DBS手术，取得了较为满意的疗效，同时还开展了运动区BOLD导航，纤维传导束(锥体束和视放射)的DTI导航，有效地提高了手术的安全性和准确性，该技术填补了苏州市的空白。科室也以其专业特色而饮誉省内外，外埠病人从早期的年10％左右，达到现在的19.17％。
　　神经外科建有临床解剖实验室，拥有显微解剖学研究的基本条件，拥有神经科学研究所、脑肿瘤研究室，SPF裸鼠房，分设有细胞生物学实验室、分子生物学实验室，同时可依托江苏省神经再生重点实验室，充分满足基础研究的要求。由著名神经外科专家黄强教授主持的胶质瘤基础与临床研究取得了丰硕的成果，达到了国际先进水平，先后完成九项国家自然科学基金题，发表相关论著300余篇，出版胶质瘤专著四部，获省部级科技进步奖13项，使科室在国内同类研究中出类拔萃。近三年，在研国家自然科学基金项目4项，完成省部级科研题2项、在研3项，参与完成“十一五”国家科技支撑计划重大项目2项，参与在研国家高技术研究发展计划(863计划)、国家重点基础研究发展计划(973计划)基金资助项目、“十一五”国家科技支撑计划重大项目各1项，在研市级科技项目4项。获中国核工业集团公司科技进步一等奖、福建省科技进步二等奖、江苏省科技进步三等奖、江苏医学科技进步二等奖、苏州市科技进步二等奖、苏州市科技进步三等奖、苏州市新技术引进一等奖、苏州市新技术引进二等奖各 1项。发表论文50余篇，其中SCI收录19篇，参编专著10部。
　　神经外科在做好临床、科研的同时，十分重视对科室优势技术的推广，已连续10年举办国家级神经外科“锁孔”微创手术继续教育学习班，先后有500余人次各地医师参加学习，并已在全国十多个省份得到推广应用，其成果多次在全国及国际会议上交流，在SCI期刊发表论文9篇。成功举办了第三届全国中青年神经外科医师论坛和第七届国际微创神经外科大会，这也是首次在中国举办的世界级大会，体现出了本学科在国内、国际拥有的知名度。科室重视人才培养，先后派遣人员分赴日本、德国、美国等进行脑血管疾病、功能性神经外科、基因敲除技术等专项学习，取得很好的效果，兰青教授还不定期赴国外访问学习，了解国外最新动态。三年来培养博士生8名，硕士生13名。