北京儿童医院中医科自建院初期即成立，迄今已有60余年。在北京市医管局及北京市中医药管理局的相关政策扶持下，在历届院领导的大力支持下，在儿科中医、中西医结合临床医疗与科研等方面获得了丰硕成果。中医科技术力量雄厚，全科共有医技护人员77人，拥有3名德高望重的国家级名老中医、博士生导师、硕士生导师、教授、副教授等知名专家学者，还有从事中西医结合儿科临床教学多年、经验丰富的主任医师、副主任医师及青年骨干。设有两个住院病房，80张床位，中医门诊(包括专家、专业、普通门诊);8个专业门诊(包括脾胃专业、结缔专业、小儿妇科专业、气管炎专业、乳儿肝炎专业、紫癜专业、多动症专业、皮肤专业等)。中医科的小儿脾胃专业同时也是全国小儿脾胃病诊疗中心，早于上世纪80年代即开展小儿胃镜检查，配置有胃镜室、胃肠电图检查室、中医特色治疗室等。
几十年来，中医科在金厚如、娄延承、刘韵远、王鹏飞、王敏智、裴学义、孙燕华、陈昭定、闫慧敏等几代名老中医专家的带领下，共同努力，不断进取，充分发挥中医特色与中西医结合治疗优势，深入研究儿科常见病的中西医结合诊治。针对小儿脾胃病、小儿呼吸道疾病、小儿结缔组织病、过敏性紫癜、乳儿黄疸及小儿妇科疾病等的临床诊治，研发了十余种中药内部制剂，临床疗效显著，久用不衰，深受病人与家长的欢迎。中医科还根据中医内病外治原理，开展了多项如中药泡洗、熏蒸、外敷贴、子午流注、推拿按摩等中医外治疗法。为方便患儿就诊，节省家长时间，复诊预约、电话114预约、网络预约等多种挂号形式，开通新浪微博、充分利用媒体及门诊与病房开展科普宣教，参加大型公益及义诊等活动。
中医科一直是北京市四大中医药研究基地之一，是国家临床重点专科，国家十一五重点专科，北京小儿脾胃病重点学科，北京市综合医院示范中医科，是全国示范科先进单位，首都医科大学中西医儿科硕士研究生培养基地，北京中医药“十病十药”临床研究基地，拥有裴学义、陈昭定两位名老中医工作室，北京市中医儿科“治未病”中心。2012年底成立了中西医结合儿科研究所，近三年来先后获得国家科技成果奖三项，北京市科技成果奖五项，目前还承担多项国家及北京市科研课题，医、教、研综合水平在全国中医儿科界达到领先水平。
北京儿童医院中医科位于新门诊大楼八层。设有中医普通门诊、专家门诊、专业门诊及专病门诊。对于儿童的常见病、多发病如感冒、流感、咳喘、厌食、腹痛、腹泻、便秘等，不论看专家门诊，还是普通门诊医生都能通过望、闻、问、切四诊，辨证论治。即有传统的中药汤剂，又有服用方便的中成药，能帮助孩子最大限度的减轻病痛。对一些非器质性病变的疑难杂症根据不同病情选用中西医结合的治疗方法收到较好的临床疗效。中医专业和专病门诊具体介绍如下：
中医消化专业：具有较强的专业技术力量，目前是全国中医儿科脾胃病研究中心，拥有电子胃镜及胃电图多功能检查，对于胃炎、十二指肠球炎、消化性溃疡、消化道出血、小儿肠炎等消化道疾病能够及时做出诊断，并给予中药、中西药系统治疗，疗效显著。
中医风湿病专业(结缔组织病)：中医科开展该类疾病的研究已经二十多年，积累了许多中西医结合治疗的经验，主要治疗幼年类风湿关节炎、幼年强直性脊柱炎、过敏性紫癜、紫癜肾炎、红斑狼疮、皮肌炎、硬皮病等，这些疾病病程长，疗程长，在西药治疗的同时配合中药辨证治疗，能够取得更佳的效果，对于需要系统检查治疗的，可通过专业门诊收入中医病房。
中医小儿妇科专业：该专业是医院在儿童专科医院中率先成立的一个新专业，以中西医结合为特点，采用现代医学方法进行检查，以中药为主或中西药结合的方法治疗女童生殖系统疾病，主要诊治女童生殖器官炎症如外阴炎、外阴阴道炎、异物性阴道炎、淋菌性阴道炎等;青春期发育异常如女童性早熟;青春期月经异常如青春期子宫功能性出血、痛经、闭经、多囊卵巢综合症等;还有外阴硬化萎缩性苔藓、小阴唇粘连、情感交叉擦腿综合征等。
此外，中医科对于一些比较难治或目前无特效药物的疾病，开设了中医特色门诊，如中医气管炎专业、紫癜专业、乳肝专业、多动症专业、皮肤病专业等专病门诊。
气管炎专业：根据中医辨证施治原则，采用标本兼治的方法，中西医结合，发挥中医特色优势，结合中医敷贴、子午流注等外治疗法，治疗治疗小儿肺炎、气管炎、反复呼吸道感染、过敏性咳嗽、支气管哮喘、闭塞性细支气管炎等。
过敏性紫癜专业：过敏性紫癜是儿科常见病，易反复发作，并易合并肾脏损害。目前缺乏特效药物，中医治疗优势显著。中药辨证治疗结合中药泡洗等外治疗法能取得较好疗效。
多动症专业：主要治疗抽动秽语综合征以及多动症，抽动秽语综合征多为间歇性，交替性出现挤眉、眨眼、耸肩、喉出怪声等症状，而且精神不集中，影响学习成绩，西药治疗易出现嗜睡等不良反应，用中药或中成药治疗能够使病情控制，无副作用。
乳肝专业：乳儿肝炎常发生于新生儿时期，迁延不愈，其病因较复杂，同宫内病毒感染、胆汁淤积、胆道发育不良—先天性胆道闭锁等多种因素有关，不及时治疗易导致胆汁淤积性肝硬化，该门诊采用名老中医经验方治疗，用清热祛湿、利胆退黄或健脾祛湿、疏肝利胆等方法，取得良好效果，并使肝功能恢复作用。
皮肤病专业：儿科常见的皮肤病都由湿热毒邪蕴郁所致，比如湿疹、脓疱疹等疾病，配合中药内服外洗，效果更佳。