北京儿童医院新生儿中心已有40多年的历史，于2008年在新生儿内科病房及新生儿重症监护病房(NICU)基础上正式成立。新生儿中心拥有床位100张，医师37名、护士69名。其中正主任医师8名，副主任医师8名，主治医师8名;副主任护师2名，主管护师12名;拥有博士4名，硕士20名，并拥有硕士生导师，技术力量雄厚。科室技术力量雄厚，集医疗、教学、科研、预防为一体。
新生儿内科病房成立于1972年，现有床位60张，该专业人员具有丰富的临床经验，诊治呼吸、感染、消化、心血管、泌尿、血液、神经、 内分泌、遗传代谢等系统各种疾病，如肺炎、败血症、化脓性脑膜炎、破伤风、黄疸、贫血、腹泻病、硬肿症、消化道出血、缺氧缺血性脑病、颅内出血、早产以及遗传代谢病、复杂畸形等的诊治都处于国内领先水平。在治疗新生儿溶血症伴重度高胆红素血症方面取得良好效果，尤其率先在国内开展了新生儿溶血病的交换输血术，换血成功率 100％，成功救治了大量患儿。新生儿内科病房每年救治新生儿患者约2000多例，抢救成功率达99％，居国内领先水平，成功救治了大量患儿。新生儿内科病房可开展新生儿换血治疗，治疗新生儿母子血型不合溶血病等高胆红素血症病人，避免胆红素脑病的发生。
新生儿重症监护病房成立于1990年，现有床位40张，专业技术力量雄厚，每年救治危重新生儿约1000例，抢救成功率达99％。开展了胃肠外营养、重力喂养、高频通气、肺表面活性物质的应用、新生儿腹膜透析等先进技术、中心静脉导管技术(PICC);并开展了危重新生儿病人的镇静、镇痛治疗;综合采用先进的技术治疗极低出生体重儿，提高他们的生存率和生存质量;同时开展外科围术期新生儿监护、治疗，大大提高了各类先天畸形(特别是先天性心脏病/先天消化系统畸形)患儿的救治成功率。全方位提高了新生儿危重病人尤其是极低出生体重儿的监护、抢救水平。
2008年8月，新生儿内科病房与新生儿重症监护室(NICU)合并，整合为北京儿童医院新生儿中心。合并后的新生儿中心配有最先进的长颈鹿暖箱39台，为早产及危重新生儿抢救提供了良好条件。中心拥有心电监护仪72台(其中44台为中心监护仪)，可进行床边心电、呼吸、氧饱和度、血压等监测，为监测新生儿生命体征提供依据。还可进行畸变耳声发射、脑干测听、床旁摄片、超声心动、经颅多普勒超声、视频脑电图、床边振幅整合脑电图、经皮胆红素监测等无创检查，以及微量血气、血生化、血糖检测，为危重新生儿抢救及时提供各种信息。配有多台CPAP仪、呼吸机、高频呼吸机，为成功抢救患儿生命提供了保障。2012年开展了危重新生儿的院前转运工作，有效地做好了危重患儿的院前救治，大大提高了抢救的成功率，减少并发症和后遗症的发生。
新生儿中心拥有高素质的护理队伍，常规开展深静脉置管、PICC置管、脐静脉置管、外周动静脉穿刺、鸟巢护理、新生儿抚触等技术。
新生儿中心承担着首都医科大学儿科系授课、见习、实习，首都医科大学留学生见习、实习，北京市儿科住院医师规范化培训，进修医师培训等教学任务。参与编辑多部专业书籍，包括《实用儿科学》、《北京儿童医院 临床疑难病例荟萃》、《儿科医生效率手册》、《儿科诊疗常规》、《临床病例会诊与点评—儿科分册》、《尼尔森儿科学精要》等。