司法鉴定科在深圳市政府指派下组建了“深圳市康宁医院精神病司法鉴定小组”，1998年3月由广东省人民政府指定为精神病医学鉴定单位，2003年12月经广东省司法厅批准注册，成为面向全社会服务的独立司法鉴定机构，即“深圳市康宁医院法医精神病司法鉴定所”。2009年3月通过中国合格评定国家认可委员会（简称CNAS）ISO/IEC17020A类检查机构认可的初次评审，并获得认可证书，是目前我国独立法医精神病鉴定机构唯一通过国家质量认可的专业机构，机构负责人系我国司法精神病最高权威机构——中华医学会精神科分会司法精神病学组副主委。
　　司法鉴定科于2008年获得我国首届鉴定文书一等奖，专业技术力量雄厚，仪器设备充足、先进，拥有一批多年从事法医精神病鉴定工作的专职鉴定人13人，辅助人员5人，其中高级职称13人，中级职称2人，初级职称3人，博士4人，硕士4人，本科学历10人。
　　司法鉴定科设法律能力鉴定室、精神损伤与伤残鉴定室、劳动能力和精神残疾鉴定室等三个业务鉴定室。承担刑事案件、民事案件、精神损伤与精神伤残、精神疾病及其因果关系、劳动能力和精神残疾、计划生育、保险理赔等各类精神医学鉴定任务。
　　司法鉴定科任务是根据国家相关法律和法规，按照法医精神病学鉴定程序，通过系统的精神检查、相关神经心理测试和实验室检查等，运用精神医学、法学和社会学等相关知识，对精神状态（包括有无精神障碍、伪装精神障碍、精神障碍病因或关联关系/因果关系等）、法律能力（包括辨认和控制能力、民事行为能力、受审能力、服刑/教能力、性防卫能力、其他行为能力如诉讼能力/作证能力等）、精神损伤与精神伤残（包括精神损伤、精神伤残、精神损伤残疾及损伤与精神障碍关联关系/因果关系等）、劳动能力（包括因病/伤丧失劳动能力、精神残疾等）、与心理因素相关的性功能障碍等进行鉴定。
　　司法鉴定科将本着公平、公正、科学、客观的态度，按照“科学严谨、客观准确、独立规范、公正严明”的方针，遵循ISO/IEC17020质量体系，严格遵守有关法律、法规和技术规范，公正、科学、客观实施每一例鉴定，为委托方提供高质量的鉴定服务。
　　司法鉴定科无论是软件（包括人才、专业技术骨干的鉴定技术、管理等）还是硬件（包括检测仪器、设备和技术）都居全国领先地位。拥有多种现代化检测工具，包括对智力、记忆、思维、情感、行为等的各种心理评估及其计算机软件分析系统、伪装智力低下评估及伪装精神病评估的计算机软件分析系统、大脑高级认知功能检测仪、事件相关电位测谎仪等。
　　
　　司法鉴定科业务范围主要包括：（1）刑事案件的精神医学鉴定：明确有无精神病及其责任能力、受审能力、服刑能力等。（2）民事案件或刑事附带民事案件的精神医学鉴定：明确有无民事行为能力、受害方的精神损伤及其性质和程度。（3）工伤伤残鉴定：确定工伤的性质、因果关系、精神伤残等级等。（4）交通事故伤残鉴定：确定交通事故的伤残性质、因果关系、精神伤残等级等。（5）精神疾病及其因果关系鉴定：明确是否患精神病疾病、何种精神疾病、性质、程度、病因及因果关系。（6）劳动能力鉴定：明确能否继续工作。（7）因病退休鉴定：明确是否达到病退的病残等级。（8）精神残疾及其程度鉴定：包括成人、儿童因智力或精神障碍导致的精神残疾及程度。（9）性功能鉴定：确定有无性功能障碍、性质（功能性或器质性）及其程度。（10）计划生育鉴定：明确有无遗传性疾病，患儿的精神残疾程度，是否符合生二胎的条件。（11）保险理赔鉴定：明确有无精神损伤或精神伤残及其程度。