外科实验室由王吉甫、朱家凯、陈国锐等老一辈外科教授创建于80年代初，实验室由小到大，仪器设备从无到有，研究人员艰苦奋斗，至90年代末实验室已具备200万仪器设备，培养了大批具有良好科研素质的外科专家，为外科的科研工作做出了重要贡献。自从普通外科成为211重点学科（1998年）和国家重点学科（2001年）以来，外科实验室的工作以辅助普通外科学科建设为主，利用普外投入的经费，在医院的大力支持下，2003年重新装修，添置了600万的仪器设备，发展成为一所现代化综合性临床基础研究实验室，总面积达500m2。实验室建立初步建立了3个技术平台：临床基础研究术平台、消化系肿瘤组织库和器官移植研究中心。在普外学科带头人汪建平、王深明、梁力建、何小顺等教授的研究方向指导下，结合外科其它各专科的科研需要，本实验室的目标是保证各项研究工作顺利进行的同时，进一步加强与国内外相关学科的合作，逐步成为一个完善的临床学科与基础学科结合并独具特色的科研基地。
　　实验室主要设有细胞培养室、分子生物室、病理室、生化免疫室4个技术室和1个组织标本库，各技术室配备相应的技术设备和专业技术人员。实验室目前主要通过中山大学和本医院的学科建设费来维持实验室仪器设备的日常维护和运作。实验室实行主任负责制，各功能实验室仪器设备由专人负责，健全使用登记、保养制度，规范操作程序，保证设备安全、高效运行，充分提高仪器设备的使用率。实验室在保证外科各项基础研究课题完成的前提下，还利用实验室先进的设备，开拓或开展临床病人检测新项目，辅助和推动科研工作的发展。
　　科研资源及特色
　　外科实验中心以普通外科组织库的建设为工作中心，整体目标是建立中国南方地区最大的消化系肿瘤组织库，普通外科以肝癌和胃肠肿瘤、血管疾病为主要研究对象，积极与基础学科合作，应用基因芯片和组织芯片、小RNA干扰等多种现代技术手段，筛选出与肿瘤形成相关的基因，为消化系统肿瘤的临床诊断和治疗开辟新途径。
　　人才培养
　　外科实验室面向外科研究生和科研人员开放，从2003年来平均每年有50余位外科研究生在本室完成课题。研究生进入实验室需先申请，经批准后登记、培训。本实验有严格研究生管理制度，研究生可使用本实验室所有设备，贵重仪器在技术人员指导下操作。
　　临床检验项目
　　1．胃肠肿瘤（GITM）4项（CEA、CA19-9、CA72-4、CA242）
　　2．抗基底膜抗原Anti-GBM
　　3．巨细胞病毒抗原定量（CMV-Ag），
　　4．巨细胞病毒mRNA检测（CMV-PP67）
　　5．HLA分型
　　6．HLA-B27
　　7．群体反应性抗体（PRA）
　　8．淋巴细胞毒实验（CDC）
　　9．血清恶性肿瘤相关性物质定量（TSGF）
　　10．血清前白蛋白（PA）定量
　　11．血清转铁蛋白（TF）定量
　　12．尿液核基质蛋白-22（MMP-22）
　　13．尿液癌症筛查鉴别（UTC）试验
　　14．尿路结石分析
　　实验室主要设备
　　德国Eppendorf压电式组织切割仪（MicroDissector） 美国BIOMEK2000实验室自动化工作平台（全自动核酸提取仪） 日本OLYMPUS倒置显微镜 酶标仪
　　组织芯片（阵列）仪 Tissue Arrayer GeneGnome化学发光凝胶成像系统 普通生物显微镜 半自动生化分析仪（小型）
　　丹麦DOKO 全自动免疫染色仪 核酸蛋白分析仪 DU800 恒温水浴箱 台式酸度计
　　自动脱水机 组织匀浆机 德国HERA二氧化碳培养箱 美国通用漩涡混匀器
　　自动包埋机 德国BECKMAN台式微量离心机 美国Thermo FORMA 371二氧化碳培养箱 恒温培养箱
　　普通生物显微镜 超声细胞破碎仪 日本OLYMPUS倒置显微镜 英格兰 JENWAY 磁力搅拌器
　　日本OLYMPUS生物荧光显微镜 Sigma台式高速冷冻离心机 BECKMAN高速低温离心机 电子天平
　　日本NIKON ECLIPSE E100生物荧光显微镜 台式分子杂交炉 空气摇床 双槽恒温干燥箱
　　美国Thermo Forma超低温冰箱 9700 Gene Amp PCR扩增仪 日本Hira yama高压蒸汽灭菌锅 液氮罐 115升CMR8031
　　美国Leicn摊片机 真空冷冻干燥机 电子消毒柜 液氮罐 20.5升
　　美国Leicn烘片机 电泳仪及蛋白质转膜系统 制冰机 美国SHELDON精密烘箱
　　德国QIAgen高通量研磨器Mixer Mill MM300 德国Biometra Tgradient 梯度PCR仪 德国Eppendorf恒温混匀器Thermomixer comfort 5355型 瑞士 METTLERPB203-N精密天平