针灸科创立于1933年，是广东省最早成立的针灸科室。现为广东省中医院“A级科室”，是广东省重点专科及国家重点针灸专科建设单位;同时也是国家重点中医学针灸推拿学科及国家重点中医脑病学科的重要组成部分。

针灸科技术力量雄厚，是广东省针灸学会及中国针灸学会腹针专业委员会挂靠单位。现有教授、主任医师15人，其中院士1名、获省政府授予“名中医”称号者4名;副主任医师、副教授11人，主治医师、讲师6人，住院医师14人，副主任护师1人;其中医学博士12人，医学硕士20人;全国继承名老中医专家学术经验导师6人及继承人6人;博士生导师7人，硕士导师12人;拔尖人才及朝阳计划人才5人。

针灸科包括门诊、病房两部分，病房设在大德路本部，门诊有大德路门诊、二沙门诊、芳村门诊、腹针门诊、药物灸门诊和大学城医院门诊。平均日门诊量超过800人，病房固定床位45张、开放床位150张。拥有床边心电、血压、呼吸监护等先进设备，并充分利用医院的ECT、核磁共振(MR)、CT、肌电图、脑电图、经颅多谱勒(TCD)等当今世界先进技术。

针灸在医院已广泛应用于临床各科，包括急诊、内科(消化、呼吸、神经、心血管、内分泌)、外科(泌尿、男科、急腹症)、骨科、妇科、儿科、五官等。该科以针灸治疗为主，中西医结合诊治疾病。治疗中风病、血管性头痛、脑脊髓外伤所致的瘫痪、血管性帕金森氏综合征、抑郁症、焦虑症、慢性疲劳综合征、脑供血不足引起的眩晕、面瘫、颈椎病、腰椎间盘突出症、痛风性关节炎、软组织损伤、骨性关节炎、慢性结肠炎、哮喘、过敏性鼻炎、湿疹、荨麻疹、月经病等疾病疗效显著。目前开设有瘫症(偏瘫、脑瘫、面瘫)、疼痛、颈腰腿痛、过敏性疾病、不育症、减肥等6个专科，病人遍及世界各地。

针灸科每年接受美国、英国、德国、澳大利亚、瑞士等国外进修生50多人学习;是广州中医药大学各专业，针灸专业硕士、博士生，香港浸会大学，香港中文大学等临床实习基地。主持国家“十一五”科技支撑计划“不同针灸方法治疗颈椎病颈痛优化方案的临床研究”1项、国家自然科学基金项目“camp-creb-bdnf受体后信号转导通路在针刺干预抑郁症模型大鼠的作用研究”等2项;国际合作项目“针灸治疗慢性颈痛的临床研究”1项;“针刺调肝法治疗抑郁性神经症的规范化研究”、“针刺联合活血化瘀中药、康复训练综合方案治疗脑梗塞的临床研究”、“针灸疏经调脏法治疗脑梗塞的多中心随机对照研究”等省部级课题15项、厅局级课题24项;获各级奖项11项，其中“不同针灸方法治疗颈椎病的临床研究及疗效评价”、“针刺调肝法治疗抑郁性神经症的规范化研究”获中国针灸学会科技进步二等奖，“针挑治疗颈椎病的规范化研究”等5项研究获广州中医药大学基础奖和科技进步奖，“天灸治疗支气管哮喘的规范化研究”等2项研究分别获得中华中医药学会科技进步二等奖和著作奖，“针刺对脑缺血后神经元损伤保护及突触可塑性促进作用的研究”分别获得广东省科技进步二等奖和教育部提名国家科学技术进步奖(自然科学奖)一等奖。“针刺调肝法治疗抑郁症、精神压抑”、“天灸治疗哮喘、慢支、过敏性鼻炎”技术还被列入国家中医药管理局科技成果推广项目;科室牵头制订了国家标准“腹针疗法技术操作规范”。近年来出版专著33本;在国内外医学刊物发表论文300多篇，其中SCI论文6篇。