消化内科是医院重点建设与发展的学科之一。消化内科现为硕士学位授予点。现有教授、副教授5名（其中3名来自南方医院消化内科，国家消化重点学科），主任医师3名、副主任医师2名、主治医师3名、住院医师4名、博士后1名，博士3名，医学硕士6名，消化内镜专业护士3名，拥有设施齐全、服务一流三级宾馆式的住院病房，住院床位50张。在南方医院国家重点学科--消化疾病研究所创始人，消化内科及消化内镜学家周殿元教授指导下，对于消化系统常见病、多发病、急重危及疑难疾病诊治（包括食道、胃、小肠、大肠、肝脏、胆道、胰腺和腹膜疾病）具有丰富的临床经验并有独到之处。科室依托南方医科大学丰富的医疗资源，集临床、科研和教学于一体，以消化到肿瘤基础与临床研究、ERCP及超声内镜微创治疗胆胰疾病临床研究、消化道早癌及癌前病变筛查及内镜下微创治疗（ESD）研究以及小肠疾病及小肠镜诊治临床研究为科研方向，近年来，发表核心期刊或期刊源论文80余篇，其中SCI论文5篇，最高影响因子为4.68，获得科技进步三等奖3项，获得省部级科技进步一、二等奖各1项。消化内镜中心是广东省规模较大、技术力量雄厚、设备最为先进齐全、开展项目多而全的消化内镜诊断与治疗中心。本中心面积1000平方米，位于新门诊大楼8楼，环境优雅、设备先进、技术力量雄厚。拥有岳辉主任（教授）、冯福才教授、朱建新教授等学识渊博、技术精湛的专家，配备有目前国际上最先进的PENTAX共聚焦激光显微内镜系统、全套超声内镜系统（包括环扫诊断镜及纵轴穿刺治疗镜）、电子胃镜、结肠镜、十二指肠镜、小肠镜、胶囊内镜及日立5500彩超机、C-臂X线机和DSA等设备，仅内镜主机设备10套，各种内镜30余条，共1000余万元。在我省较早开展了ERCP治疗、超声内镜（EUS）、黏膜剥离切除术（ESD）等内镜治疗以及普及开展了无痛内镜检查等项目，在消化内镜诊断和治疗方面始终居于我省先进水平，部分项目居领先地位。本消化内镜中心拥有华南地区第一套国际上最先进的PENTAX共聚焦激光显微内镜系统（为能放大1000倍的细胞内镜），天河区第一个全套超声内镜系统（包括环扫诊断镜及纵轴穿刺治疗镜）和具有数字化染色高清电子胃镜、结肠镜，具备了对消化道早癌和癌前病变进行研究和临床诊治的全套设备和技术。本中心同时是“日本PENTAX南方消化内镜培训基地”、“消化道早癌预防医学中心”，承担着为省内众多地区培训内镜专科医师、输送内镜专门人才的任务，努力打造“卫生部消化内镜技术培训基地”。内镜中心成立以来、已行胃镜、肠镜、ERCP、超声内镜及各种内镜下治疗数万例，患者反映诊断准确率高、治疗效果良好，深得患者赞誉。
　　消化内科诊治范围：食道疾病:胃食管反流病、食道癌、食道狭窄、食管气管瘘、食道黏膜下间质瘤、食道及胃底静脉曲张破裂出血，胃疾病：急、慢性胃炎、消化道溃疡、胃癌、胃黏膜下肿瘤、上消化道出血，大肠疾病：急、慢性肠炎、溃疡性结肠炎、克罗恩病、伪膜性肠炎、大肠息肉、大肠癌、肠结核、下消化道出血，小肠疾病：小肠肿瘤、中消化道出血、小肠结核、克隆氏病、小肠溃疡疾病，肝脏疾病：急、慢性肝炎、脂肪性肝病、药物性肝病、自身免疫性肝病、肝硬化、肝癌、各种原因不明性黄疸、布-加氏综合征，胆道疾病：梗阻性黄疸、胆总管结石、肝外胆管癌、肝门部胆管癌、先天性胆道疾病，胰腺疾病：急、慢性胰腺炎、胰腺癌、胰腺假性囊肿、胰腺先天性疾病，腹膜疾病：各种不明原因腹水、结核性腹膜炎、癌性腹水。
　　消化内科特色技术：消化系统常见病、多发病、急重危及疑难疾病诊治（包括食道、胃、小肠、大肠、肝脏、胆道、胰腺和腹膜疾病）。内镜下胃肠道疾病的诊断及微创治疗（包括胃肠道息肉的切除、狭窄支架术、食道静脉曲张套扎术、胃底静脉曲张组织胶注射等）尤其擅长消化道早癌的内镜下治疗，包括内镜下黏膜剥离切除术（ESD）和黏膜切除术（EMR）。ERCP诊断及微创治疗胆道和胰腺疾病，包括胆总管结石、胆管癌、胰腺癌造成的梗阻性黄疸、急慢性胰腺炎和先天性胆总管囊肿。超声内镜（包括环扫和扇扫穿刺镜）诊治胰腺胆道疾病，包括胰腺占位病变、胰腺癌、胰腺假性囊肿、食道癌胃癌及大肠癌淋巴分期。B超、CT和DSA引导下精准微创技术治疗肝脏和胰腺疾病，包括美国RITA射频、冷循环微波刀、氩氦刀冷冻技术和125I放射粒子种植技术）DSA引导下部分脾栓塞联合B超引导下脾部分微波刀消融技术治疗肝硬化中重度脾功能亢进症。