小儿外科儿童不是成人的缩影，由于小儿在生理发育上的特点，决定了这些患儿在诊断和治疗上的特殊性。因而小儿外科是诊治小儿各种先天性畸形、感染、肿瘤、创伤等，包括小儿胸部、腹部、泌尿等疾病的最适宜的科室,科内有一整套适合小儿特点的精细操作规程，以及本专业的诊断、治疗和护理常规，收治0~18岁各种儿外科病人。协和医院小儿外科创建于1981年，至今已有26年的历史。经过几代主任的共同努力，本学科已成为基础扎实、人才梯队健全、技术力量雄厚、仪器设备先进、医教研究发展的学科，目前已成为湖北省最大的小儿外科疾病治疗中心、学术牵头单位之一。
　　小儿外科开放床位40张。现有医生9人（教授2人，副教授3人，博士生导师1名，硕士生导师3名），青年医生已全部博士化。现有设备：8导直肠肛管测压仪（向量测压）一台、婴儿保温箱二台、婴儿红外线辐射台一部，小儿纤维结肠镜一台，小儿腹腔镜一台，多台监护仪、输液泵等。是国内本专业设备最先进与齐全的学科之一。
　　小儿外科开展的主要医疗项目：
　　1、微创外科手术：单纯经肛门巨结肠根治术、腹腔镜巨结肠根治术或巨结肠类缘病根治术。漏斗胸NUSS手术，下消化道出血、肠套叠、肛门闭锁、腹股沟疝、阑尾炎、腹痛待查、肿瘤活检腹腔镜手术，脾脏的腹腔镜手术，先天性胆管扩张症或胆道闭锁的腹腔镜手术，食管裂孔疝、膈疝、膈膨升腹腔镜手术，隐睾、精索静脉曲张、肾盂输尿管吻合、肾切除的腹腔镜手术等。
　　2、新生儿外科手术：先天性幽门肥厚狭窄、先天性肠闭锁和肠狭窄、先天性肠旋转不良，胎粪性腹膜炎，新生儿坏死性小肠结肠炎、脐膨出与腹裂、消化道重复畸形、肠套迭、先天性肛门和直肠发育畸形、胆道闭锁、脐疝、卵黄管瘘、脐尿管瘘等
　　3、小儿普外手术：小儿腹痛、阑尾炎、疝气、鳃裂囊肿（瘘）、甲舌囊肿（瘘）、甲状腺肿瘤、美克尔憩室、脐疝、原发性腹膜炎、肠梗阻、消化道异物、急性出血坏死性小肠结肠炎、人工肛门的重建、胃十二直肠手术、门脉高压症断流手术、各种分流手术、胆道手术、脊髓脊膜膨出等
　　4、小儿泌外手术：包皮环切术、隐睾复位、尿道下裂、隐匿型阴茎、肾积水、后尿道瓣膜手术等。
　　5、小儿胸外手术：先天性食管闭锁、漏斗胸手术、鸡胸、先天性食管狭窄、胃食管反流性疾病、先天性肺囊肿、肺隔离症、食管烧伤瘢痕性狭窄等。
　　6、小儿肿瘤：血管瘤、淋巴管瘤、肝母细胞瘤、肾母细胞瘤、神经母细胞瘤、骶尾部畸胎瘤、肠道肿瘤等。
　　小儿外科临床特色：
　　1、小儿微创外科是本科室的特色，率先在全国开展了腹腔镜辅助下先天性巨结肠根治术，获得了巨大成功，病人来自全国各地。累计治疗病例已200余例以上，技术熟练，手术时间短，疗效好。成功完成了国内第一例腹腔镜高位肛门闭锁手术，手术疗效好，并发症少。在中南地区首先开展漏斗胸的微创治疗（Nuss手术），并与国内公司合作，开发了国产漏斗胸矫正器。目前已完成100余例，治疗效果极佳。在湖北省率先开展先天性胆管扩张症或胆道闭锁的腹腔镜手术，食管裂孔疝、膈疝、膈膨升腹腔镜手术，腹腔镜性脾脏切除术等。
　　2、擅长各种疑难和复杂的手术，完成了湖北省首例双双成活的胸腹联体儿分离手术，较早在国内开展了小儿先天性胆总管囊肿切除Roux-Y胆肠吻合术，取得了良好的治疗效果。在食管良性狭窄的结肠代食管手术、胆道闭锁Kasai手术、食管闭锁一期或分期手术、巨大骶尾部畸胎瘤腹会阴联合手术、巨大脐膨出与腹裂分期手术、小儿门脉高压手术处于国内先进水平。
　　3、小儿血管瘤、淋巴管瘤等体表肿瘤方面，采用国内先进的手术、药物注射、生物治疗等相结合的综合治疗措施，手术复发率低、伤口疤痕小。
　　4、擅长应用补片和生物材料修补各种先天性缺损，使常规手术不能修补的疾病得以痊愈：包括大的脐膨出、腹裂、脊髓脊膜膨出，巨大脐疝、腹股沟疝、复发疝修补等。
　　5、小儿纤维结肠镜的检查、治疗，本科拥有先进的适用于小儿的仪器设备，是省内较先在儿科开展应用的单位之一。