北京大学眼科中心始建于2001年10月，座落于北京大学第三医院眼科中心大楼内，建筑面积10,000m2；集眼科临床、教学和科研于一体，为国家重点学科。眼科中心由美国约翰霍普金斯大学曹安民教授担任首任主任，自2010年4月起，由我国著名眼底病专家马志中教授继任主任，王薇教授、郝燕生教授任副主任。
北京大学第三医院眼科中心重视人才战略和梯队建设，下设9个亚学科，分别与国际眼科亚科相对应，即：玻璃体视网膜科、白内障与 老年眼病科、眼外伤与人工晶体科、角膜科、青光眼科、准分子激光科、斜视与小儿眼科、眼底病内科和眼整形美容科。从全国招聘眼科著名教授、一流专家担任亚 学科主任，在自主创新的平台上组成眼科中心飞速发展的骨干力量。眼科中心亚学科学术带头人包括：马志中教授、王薇教授、郝燕生教授、洪晶教授、吴玲玲主任 医师、陈跃国教授、王乐今主任医师、刘瑜玲主任医师、田彦杰副主任医师等。
眼科中心设有病床80张，日门诊量700人次，年手术量10,000例。外省病人转诊比例由2001年的5％增长到2010年的34％以上，表明北京大学第三医院的诊疗实力在全国眼病患者心目中的影响力日益突显。眼科医院现有博士生导师6名，硕士生导师9名，2010年培养博士后1名，博士生28名，硕士生16名，进修医43名。眼科中心拥有世界最先进的眼科设备及眼科医疗、教学和科研平台，跻身于国内Top Ten最主要眼科机构之一。
位于眼科中心大楼六、七层的眼科研究所，占地1,125m2。拥有激光共聚焦显微镜、超高速冷冻离心机、视觉电生理仪、荧光显微镜及照相系统、凝胶成像系 统、超薄冰冻切片机、梯度PCR仪等先进实验设备和实验平台。拥有病理研究室、分子生物学实验室、眼库、免疫实验室、干细胞实验室、超微结构实验室，以及 Dry Lab和Wet Lab两个教学实验室，是功能强大的眼科基础研究平台。眼科中心秉承北京大学医疗机构的特点，十分重视科研工作，2010年在国外权威眼科杂志共发表19 篇SCI论文，在研课题基金包括国家自然科学基金、科技部“973”课题基金、北京市自然科学基金、教育部博士点基金、北京市科委基金、教育部新教师基金 等，基金总数逾千万。
眼科中心专设防盲治盲办和国家临床药理实验基地，承担着国际眼科理事会（ICO）-- 北京大学Eli Lilly糖尿病眼病防治中心、全国眼外伤登记、卫生部健康快车等重要防盲任务，每年平均接受至少4-5项临床药理实验任务。为广大患者带来光明的同时， 承担北京市和外省医师的大量培训任务，为全国老少边穷地区培养眼科医师，构建联网式模拟教学平台。
中心同时拥有一支训练有素的优秀护理队伍，分别承担了门诊、手术室和病房的护理工作。成立至今，始终坚持以患者为核心、提高护理质量、致思学科发展、建立专科护理服务内涵。
北京大学第三医院眼科中心环境幽雅、温馨，服务热情、周到，其独具匠心的医疗空间设置，令人耳目一新，充分体现人文关怀的整体设计，曾被媒体称之为“彩色 的眼科医院”。中心全体医护人员致力于中国眼科事业的发展，愿意为全国防盲治盲工作贡献力量，并努力使之成为国际著名的眼科中心。