医院共分北院、南院、新院三个病区。北院区即医院老院区,位于谯城区薛家巷,占地面积2.7万平方米,开放床位550张;南院区位于亳州市南部新区,占地面积6万平方米,总开放床位430张;正在建设中的新院区与南院区毗邻,占地面积16万平方米,一期工程(包括门诊楼、医技楼和主病房楼)总建筑面积超过8万平方米,2012年年底竣工投入使用。新院工程全部建成后,医院总床位数将达到2600张,成为皖西北规模最大、功能齐全、设施一流的现代化综合医院。
三院均可乘坐2路公交车到达,南北院之间也可乘坐2路公交车往返。