1995年我院筹建外科实验室，由张启瑜教授和余震医师负责计划。当时条件艰苦，医疗用房紧张，只能在卫校搬空后的二楼教室内隔出2个房间作为实验室。1996年实验室简易专修完成，各种仪器设备也陆续购置，可以开展外科实验室的日常研究工作。组成由张启瑜任实验室主任，余震任秘书，陈必成为实验员的简单人员构成。1999年，在原卫校地址进行现急诊大楼的建设，外科实验室设备搬入移植科，同期成立移植免疫实验室。2007年，医学院将原动物房三层楼调配给我院使用，外科实验室在此基础上进行了改造。2008年，温州医学院整合外科科研资源后申报外科学重中之重建设，外科实验室作为主要参与部分之一，成为重点建设对象。2009年9月申报温州市外科学重点实验室，通过实地考察后进行3年的建设期，并于2012年通过评审。

外科实验室早期仅能开展细胞药物敏感实验、免疫组织化学、ELISA、MTT法、内毒素检测等简单的技术服务。目前建设了细胞培养室、病理制作及图像分析室、Westernblot检测室、核酸PCR室、小动物房、大动物手术室、显微外科操作室等；可以开展细胞培养、磁珠分离、动物干细胞培养、病理制片、病理观察、ELISA分析、Westernblot分析、药物浓度监测、定量PCR、普通PCR、动物模型制作、大小动物手术、显微外科操作及训练等技术项目。特别是2009年成功申报外科学重中之重学科及温州市外科学重点实验室，使外科实验室有了新的发展，将成为科室腾飞的新起点。

外科实验室成立以来一直承担着临床和基础的科研工作，协助本院医务工作者及研究生完成研究工作。分别协助进行了“犬胰腺炎区域动脉灌注”、“犬肝移植”、“胚胎神经干细胞脑内移植对成年大鼠脑损伤的治疗作用”、“脂氧素A4抑制SIRS治疗重症胰腺炎及其机制研究”、“蛋白质指纹图谱联合抗体技术寻找胰腺癌肿瘤标志物”、“特异性免疫低反应窗口期诱导调节性T细胞生成建立稳定的移植免疫耐受”、“GSK3B在大鼠肝卵圆细胞活化和增殖中的调控作用”、“门脉高压手术治疗的术式创新及临床应用”等7项国家自然科学基金和10多项省部级课题。期间参与获得了省部级科技进步奖2项，发表SCI收录论文几十篇。目前正进行包括10余项国家级课题在内的多项研究实验工作。

目前，实验室在研的研究生人数从从1995年一人增加到2012年150多人，覆盖了全院内外科多个科室，实验仪器、设备得到了充分的利用。2009年科室实验人员发展到11名，其中2名博士、2名硕士、7名学士。年度计划购买实验设备达到500万元，科研投入逐年增加，极大的促进了科研人员的积极性和创造性。在科室的5年规划中，外科实验室将以显著的科研成果，特色的研究领域，各具特长的人才建设，与时俱进的科研创新成为浙南地区外科学的科研中心。

实验室目前在研国家自然基金3项及省自然课题4项，合作课题2项，人员有13人其中高级职称研究人员5人，中级4人，实验辅助人员4人。