新生儿科(NICU)是集医疗、教学、科研为一体的现代化医学科室。新生儿科重建于2003年，现有固定医师9名，高级职称3名。护理人员20余人，为温州医学院硕士研究生培养点，已有毕业和在读硕士研究生10位。同时还承担着对从事围产医学的产科和新生儿科及妇幼保健人员的培训指导任务。对新生儿各疾病的救治已有一套完整方案与随访制度。配备有全套惠普中心监护仪，各种进口高档呼吸机、CPAP机、暖箱、远红外抢救台、光疗仪、新生儿听力筛查仪等。在新生儿窒息复苏、肺表面活性物质治疗、极低与超低出生体重儿的监护管理、严重感染性疾病抢救、新生儿溶血病外周动静脉同步换血、早产儿营养等方面的诊治达到国内先进水平。
　　新生儿科以病人为中心的整体护理，实行小组责任制护理，每位护士8h内负责指定病人的一切治疗、护理、观察病情等工作。制定严格消毒隔离制度，采取“空气动态消毒”、严格洗手、婴儿用物为“一人一物、一用一消毒”等措施，杜绝院内感染的发生。
　　新生儿科设有儿科门诊与儿童保健科，配有全自动MAICOMB11听觉脑干反应测试系统”、“中国儿童发展中心(CDCC)婴幼儿智能发育测验量表”等。可为婴儿提供良好营养指导、高危儿生长发育检测等医疗服务。
　　新生儿科还接管产科母婴室新生儿的常规查房，重点对患有糖尿病、甲状腺疾病、妊高症、梅毒等高危产妇的婴儿进行筛查、诊治。
　　新生儿科根据专科发展的需要，逐年有计划地选派专业人才进修、培训。接待国内外国专家来院讲学、交流，不断推动科室的整体发展。积极开展科研工作，已完成或正在进行多项省、市科委课题，近三年内已在国家级、省级刊物上发表论文二十余篇。