1992年3月温州医学院附属第一医院率先在温州地区开展腹腔镜胆囊切除术，2006年10月腔镜外科正式成立，是我院普通外科专业的重要组成。2008年腔镜外科获得国家卫生部颁发的腔镜技术培训基地称号，成为浙江首批具有培训与鉴定腹腔镜外科医师专业技能的单位。2010年和美国俄亥俄州立大学合作成立了“中美微创技术培训教育研究所”，2011年合作成立了“中美微创外科治疗中心”，并定期互派医师学习交流。2012年12月腔镜外科整体搬迁至新院，成功完成了新院第一例手术。

科主任蒋飞照主任医师,科副主任屠金夫主任医师、副教授、硕士生导师。目前腔镜外科拥有床位96张，医生19人，其中高级职称医师6名，中级职称医师8名，硕士生导师2名，博士2名，硕士14名，承担多项科研教育基金课题、国家级继续教育项目，培养的优秀外科医生遍布北京、上海、浙江、湖南、新疆、云南等全国各地。此外，腔镜外科支援温州、丽水、贵州毕节等地区多家医院开展腹腔镜手术，帮助各基层医院掌握腹腔镜技术。

腔镜外科以腹腔镜、胆道镜、介入等微创技术为立科之本，分成四个专业组：糖尿病暨减重外科、胃肠外科、胆胰外科、肝与腹壁疝外科，拥有一批专业从事肝胆、胃肠、疝、甲状腺、糖尿病代谢外科手术的外科医师，不仅常规开展各类传统开放式手术，更致力于推动传统巨创手术向腔镜微创手术发展，目前开展的微创手术范围已经几乎涵括甲状腺乳腺外科、腹部外科、代谢减重外科全部疾病，常规开展腹腔镜微创治疗胃肠道良恶性肿瘤，肝胆结石，肝胆胰脾良恶性肿瘤，急慢性胆囊炎，阑尾炎等外科急腹症，腹外疝，血小板减少性紫癜，2型糖尿病、肥胖症，甲状腺肿块等。其中双镜联合治疗肝内外胆管结石，腹腔镜肿瘤根治性切除治疗胃肠道肿瘤，腹腔镜肝叶切除治疗肝脏良恶性病变，腹腔镜胰十二指肠切除治疗胰腺肿瘤，腹腔镜胃肠旁路术治疗2型糖尿病与肥胖症在全国居领先地位。