北京军区消化内科由门诊（普通门诊、专家门诊）、病房、消化内镜中心、肠病会诊中心、胆胰微创中心、实验室等部分构成，现为国家药理研究基地，第三军医大学、军医进修学院、山西医科大学、大连医科大学研究生培养点，第二军医大学临床医学院，同时担负军医大学及地方医学院校本科大学生的临床教学以及基层医院临床医师进修指导工作，此外还承担国家、军队和北京市医学科学攻关项目的基础及临床科研工作。科室现有教授、副教授11名；博士生导师3名；硕士生导师3名；主系列工作人员均为本科以上学历，其中博士学历6名，硕士学历5名。近年来中心获科技进步、医疗成果等奖项20余项，其中2003年获军队医疗成果二等奖1项；2005年获中华医学科技奖二等奖1项，北京市科技进步二等奖1项；2010年获军队医疗成果二等奖1项。

消化内镜中心：是技术力量雄厚的消化内镜诊疗技术培训中心，本中心现有教授、博士生导师3名，硕士生导师1名，副教授3名，高年资技师共8名，并拥有国际领先水平的日本奥林巴斯全系列电子内镜，胶囊内镜、单气囊小肠镜，及具有国际先进水平的氩气刀-高频电治疗仪、海博刀、多功能热极治疗仪等设备。

消化内科病房：位于住院部二层东侧，展开床位50张，分别设有高级2人间、普通3人间、普通6人间。病区实施规范的责任医师制、责任护理制，并严格执行三级检诊，每位住院患者均将接受到最高质、温馨、规范的医疗服务。此外，依据患者需要，开设了日间病房，患者可享受时间灵活的专项医疗服务，极大方便了上班族及某些只需要短时观察处理的患者的特殊需求。