针灸科伴随建院成立至今已有50年的历史，在著名针灸专家程莘农、杨甲三、姜揖君等教授带领下，逐步形成了医、教、研三位一体的独具特色的医院重点科室，在疾病防治方面独具特色，在国内外享有很高的声誉。已培养博士、硕士50余人，培养来自国内、外留学生、进修生上千人，承担国家科技部等各级科研课题数十项，获得各种奖项十余项。目前，科室有医生15人，护士8人，其中，高级职称医师8人，博士生导师1人，硕士生导师5人，80％以上的医师具有研究生学历。拥有门诊诊床30张，病房病床22张，并有独立的针灸教研室。
　　针灸科，针灸作为一种独特的治疗手段，临床涉及内、外、妇、儿、五官等多种病症，建科初期的50-60年代，科室临床以门诊为主，根据多位专家的特长，较好地开展了对急性软组织损伤、关节炎、聋哑、中风、哮喘、面瘫、头痛、小儿麻痹、腹泻痢疾、风疹等数十种疾病的治疗，治疗方法以传统的针刺、艾灸、火罐等为主。同时针灸理论的研究也逐步深入进行，代表性的是1957年单玉堂先生首次提出了将闭穴变开穴的理论，按“一四二五三零规律”为子午流注按时取穴补上了24个穴位，70年代，已不满足于传统的治疗方法，开展了新的项目，新技术，如穴位割治治疗哮喘，疗程短、痛苦小、疗效高，特别是对于某些重症哮喘患者也有较好疗效，总有效率达80％以上。另外在腧穴作用及针刺手法方面的研究也有较好的成果，如用华佗夹脊穴治疗偏头痛，神经衰弱等有效率也达85％以上。对周围性面神经麻痹病症的治疗，分为初期、中期恢复期，分别施于浅刺、重刺、浅刺，以针刺为主配合艾条拔罐、TDP照射等，治愈率达96％以上，有效率达99％。
　　针灸科于1980年，随着针灸病房的恢复，针灸科开始对中风等针灸科常见危重症及其兼症进行研究，送中青年医师进行院内或外出进修，提高了他们的综合能力，特别是对急诊病的诊治水平，扩大了针灸病房的收治范围，使病房保持较高的病床使用率、周转率和治愈率。在临床取穴方面，经过几十年的临床研究，形成了以“杨甲三取穴经验”为主的取穴方法，并在国内推广。此外，在针灸治疗五官病症，皮肤病症方面也显示了简便、高效的特点。如耳穴，梅花针治疗假性近视有效率达90％以上。对带状疱疹、荨麻疹的治疗以针刺配合拨罐为主，有效率达98％。随着招生制度的改革，针灸研究生入科，在专家指导下对五输穴，八脉交会穴、针刺手法，从理论到临床做了大量研究工作，有部分新的发现，做了系统总结。
　　针灸科于1990年以后，采取“门诊以常见病为主，病房以中风为主”、“治疗与康复相结合”、“传统手法与新设备相结合”等措施。目前已形成了以本科专家经验为基础的独特中风病辨证论治方法，对中见失语，中风痴呆、吞咽困难，肢体功能障碍等进行了系统研究，临床总有效率达96％以上，治愈显效率在90％以上。同时开始对其他老年病如糖尿病进行临床研究，且研究了一些有效的院内制剂，如“降糖丸”、“复言口服液”等，针刺治疗糖尿病的有效率也达85％以上。
　　针灸科于八、九十年代科内还对针灸临床常见病痛证进行了广泛的研究，或从取穴规律进行探讨，或从某些具体痛症如头痛、软组织挫伤性痛、胁肋痛、头面痛、骨性关节病痛或从子午流注理论进行研究，均有可喜结果，有较多文章发表。
　　针灸科从1960年起，随着国际针灸热的兴起，对外医疗及学术交流不断增加，并被列为国内首批涉外医疗和学术交流单位，先后派出医师分赴越南、印度尼西亚、朝鲜、叙利亚、坦桑尼亚、日本、法国、德国、美国、意大利、澳大利亚、埃及、韩国等国家和地区进行医疗服务或学术交流，为中国针灸走向世界和我国外交事业作出了一定的贡献。
　　针灸科于1991年3月，我院在德国办起了第一家中外合资医院，针灸科积极支持，长期派出高水平的医生参与医疗任务，深受当地人民的欢迎，大大增加了医院的知名度，也为医院赢得了可观的经济效益。
　　针灸科在2003年医院因“非典”暂时关闭针灸病房，2007年10月再次恢复开诊以来，针灸科全体医护珍惜大好发展机会，适应新形势下医疗发展的需要，发挥优势特色，为创建北京地区名副其实的真正的针灸病房力行实践，显示了良好的发展势头。
　　针灸科在近年来，我们的门诊量名列医院前茅，科室已形成数个治疗优势病种，如中风、失眠、抑郁症、颈腰椎病、痛症、耳聋、月经不调、更年期综合症。我们的特色治疗包括：火针治疗带状疱疹、神经性皮炎等皮肤病；透刺法治疗关节炎、顽固性面瘫、面肌痉挛；电针治疗哮喘、过敏性鼻炎等过敏性疾病；子午流注针法减肥、美容；灸、罐综合防治亚健康，抗衰老；耳针疗法治疗消化系统疾病等，诊疗水平居国内先进水平，在北京地区享有盛誉。“针灸治疗周围性面瘫”已成为我院的十大优势病种。