南京医科大学第三附属医院麻醉科作为临床一级科室。负责手术麻醉，术中管理治疗，全院危重病例的抢救，疼痛诊疗等。
　　麻醉科现有医生7名，副主任医师1名，主治医师2名，住院医师4名，均具有大专以上学历，具有较丰富的临床麻醉经验。许多技术达到了三级医院水平；有11名扩士，其中主管护师5名，均具有多年手术室工作经验，能熟练掌握各种操作，使用各种器械，配合手术顺利进行，得到外科医生的一致好评。
　　麻醉科拥有先进的Datex-Ohmeda。SIEMENS-7100。SACM80SA等麻醉机，五台进口多功能生命体征监护仪。两台气体浓度监护仪。一台肌松监护仪。一台I-ST血气分析仪。一台除颤仪。年均完成手术麻醉近2000例。
　　麻醉科开展的主要麻醉方法有：硬膜外。联合腰麻。全身麻醉。颈丛。臂丛神经阻滞，开展新项目有：无痛人流。无痛分娩。无痛胃镜。肠镜，术后镇痛，癌症患者镇痛等。开展联合麻醉新技术，有创监测技术，大大提高了麻醉质量，保证了手术的安全进行。如开展的硬膜外-蛛网膜下腔联合麻醉方法，它完全能满足所有下腹部以下普通病人的手术要求，克服了以往单纯硬膜外麻醉肌肉不够松弛的不足，同时方便了术后镇痛；全麻复合硬膜外麻醉，它不但节省了麻醉药的用量，同时使病人的复苏时间大大缩短。
　　麻醉科开展的疼痛诊疗项目有，肩周炎。鞘膜炎。网球肘。慢性腰腿痛等慢性疼痛；各种术后急性疼痛。晚期癌痛，运用麻醉专业范畴内的技术和镇痛药物，取得良好的治疗效果。尤其是近年来使用自控镇痛泵，它具有可控性强，安全性高的特点，使手术后病人切口疼痛及精神紧张感消失，减少术后并发症，加快切口愈合，大大提高了病人生活质量。