心血管内科创建于1936年，是我国首批硕士和博士学位授予点、博士后流动站，国家药品临床研究基地、卫生部医药生物工程应用研究中心基因示范实验室、江苏省政府重点学科(A类)、省卫生厅临床重点专科，江苏省心肌病研究基地和江苏省心脏介入中心，下属南京医科大学心血管病研究所、心脏分子细胞研究室和流行病学研究室。心血管病科下设普心病区和心脏介入病区(各含有CCU室)，有国内一流、设备先进的心导管室(内有3个手术室)，非侵入性心脏检查中心(超声心动图室、心电图室、动态血压室、动态心电图室、运动心电图室、晚电位室、电生理室以及起搏功能测试室)。有进行心脏病临床和基础研究所需要的性能先进的各种大型医疗仪器和设备，各种仪器、设备的价值4000多万元。

心血管内科人材辈出，有学科结构齐全、梯队结构合理的学术队伍。有一批著名的老专家和学术带头人，如丁尔乾、王敬良、马文珠、黄元铸、黄峻、张寄南、陆凤翔、张馥敏教授。更有一批年轻有为的中青年专家和博士群体(已获博士学位13人，另有在读博士6人)。现任科主任、学科带头人为德国留学8年的曹克将教授，博士生导师，他擅长介入心脏病学，在国内有相当的声誉，是全国劳动模范、全国百佳医生。

心血管内科有较强的医疗、教学和科研实力。现有医、教、研人员40多人，其中博士生导师8人，硕士生导师7人。目前的学科主攻方向为介入心脏病学，包括心律失常、冠心病和先天性心脏病的介入诊断和治疗，总体在省内处于领先地位、国内先进水平，部分项目达国际先进水平。另一研究方向为心肌炎和心肌病的诊断和治疗研究以及分子细胞心脏病的研究，取得多项科研成果和一项国家专利。此外，心血管疾病的流行病学研究也是心脏科的特色之一。本科先后承担国家课题10多项，部省级课题40多项，在国内外发表论文600多篇，主编和参编学术专著40余部，获国家和部省级科技进步奖20多项。

心血管内科近几年在介入心脏病学方面做了大量的工作，已形成以博士群体为核心的起搏与心电生理、冠脉和先天性心脏病三个介入专业学组。在此领域跻身于全国先进行列，赢得了国内外同道的赞誉。心脏导管室条件、设备国内一流，有手术室3个，拥有最先进的SIMENS数字减影血管造影X线机、美国INSITE3000非接触性球囊标测系统、32导电生理记录仪及有创、无创压力记录仪，可以满足各种心脏病介入工作的需要。