北京市慧慈医院综合科现有开设科室：男性专科、前列腺专科、妇产科、肝病专科、耳鼻喉科、胃肠专科、心脑血管专科、神经失眠科、肛肠腑臭专科、无痛人流、乳腺专科、无痛引产、小儿包皮包茎科、结石专科、皮肤专科、颈肩腰腿疼痛专科等科室,能开展多科常见病、多发病、疑难杂症的诊治以及危急重症的抢救治疗。其中妇产科能开展平产接生、剖腹产、子宫肌瘤切除术及卵巢囊肿摘除术等大中型手术;普外科能开展阑尾摘除术、疝气修补术、胆囊切除术、胃部分切除术、胆囊摘除术、肝叶部分切除术,骨外科已开展四肢长骨骨折内外固定术、椎间盘手术。

　　北京市慧慈医院综合科齐全的科室,完善的设备,合理的人才梯队,组成了北京市慧慈医院强大的医疗服务阵容,为平谷区的人民身体健康,为平谷区文化、经济的繁荣、提供了坚实的医疗卫生保障。