保健部是我院的重要组成部分，是妇幼保健院重要的职能部门，承担着全市160万人口妇女、儿童的保健服务工作。保健部下设妇女保健科、儿童保健科、生殖健康科、妇幼信息资料科、健康教育科等一级科室。设有基层指导中心、成人体检中心、儿童体检中心、五官保健中心、儿童康复训练室等，有副主任医师以上人员3人，海口市专业技术拨尖人才1人，相关技术人员38人。保健部主要科室及职能简介如下：
　　(1)基层指导中心：设保健部办公室、妇女保健基层指导、儿童保健基层指导、妇幼信息等，负责指导全市四个区妇幼保健院(所、站)、各乡镇卫生院开展妇幼保健服务。
　　(2)妇女保健科：开设女职工保健、妇女病普查普治、更年期保健、产后康复、乳腺保健等专科及特色门诊。(3)儿童保健科：开设集体儿童保健、儿童生长发育监测、儿童保健门诊、儿童智力测定、儿童行为评定。(4)生殖健康科：以保障生殖健康，提高出生人口素质为目的，开展婚前医学检查、婚前卫生咨询、婚前卫生指导等服务。
　　(5)成人体检中心：提供各种套餐体检服务(包括男士、女士)。
　　(6)儿童体检中心：根据儿童的发育特点，提供儿童系统保健体检，建立档案，对筛查出的体弱儿进行专案管理。
　　(7)五官保健中心：提供眼保健、眼科疾病诊疗、口腔保健、牙科疾病诊疗、听力筛查、耳鼻喉科疾病诊疗等服务。
　　(8)儿童康复训练室：提供脑瘫康复治疗、恢复期患儿康复治疗、斜颈康复治疗、颈椎病、腰椎病康复治疗、感觉综合训练等服务。
　　(9)妇幼信息资料科：收集、整理、汇总、上报全市妇幼卫生统计报表，开展全市孕产妇死亡监测、5岁以下儿童死亡监测，分析全市妇幼卫生工作群体保健指标，为妇幼保健决策提供科学依据等。
　　(10)健康教育科：开展各种形式的健康活动，宣传妇幼保健知识，提高妇女、家庭的自我保健能力。定期开设孕妇学习班、准爸爸学习班、科学育儿知识讲座等。