消化内科是我院重点科室之一，北京市中西医结合肝病学会主任委员单位，国家中医药管理局中西医结合临床国家重点学科。北京协和医学院、北京大学医学部和北京中医药大学的博士和硕士培养单位，北京市亚专科医师内科培训基地，卫生部内镜诊疗技术培训基地。现有主任医师7名、副主任医师7名，其中博士研究生导师1名、硕士研究生生导师5名。消化内科由门诊、病房、内镜中心、微创治疗组、胃肠动力检查室、消化科实验室组成，年门诊量12万余人次，设有病床53张，年收治病人1600余人。拥有面积达620M2的大型内镜诊疗中心，每年内镜诊治患者超过23000例次，中心制定了严格的内镜消毒制度，配有先进的内镜消毒系统，避免了2次污染。其中消化道息肉电切术、消化道早期肿瘤粘膜切除术、食管胃底静脉曲张硬化和套扎治疗、胰胆管造影及十二指肠乳头括约肌切开治疗胆总管结石、贲门失弛缓症水囊扩张治疗及消化道（食管、十二指肠、大肠、胰胆管等）狭窄扩张和支架置入、超声内镜诊断等在国内均属先进水平。
　　
消化内科以慢性肝病、消化系病的内镜诊治、功能性胃肠疾病和胃肠动力障碍性疾病以及炎症性肠病为主要研究方向，以中西医结合为特色，先后承担“重大新药创制”科技重大专项“十二五”实施计划课题、国家“十一五”科技支撑计划常见病课题、国家自然科学基金项目、卫生公益性行业科研专项课题、北京市科委课题、首都医学发展基金等国家和省部级课题20余项，获省部级科技进步奖9项，研制成功4种治疗肝病的中成药。学科人才梯队合理，不仅有国内知名专家教授，而且在消化病理、内镜诊治、肿瘤分子生物学、腹腔镜手术等方面都拥有高水平的专业技术人员，与日本、美国、加拿大、丹麦、英国等国家的医学院校的相关学科及研究院所建立了稳定的合作关系，定期进行学术交流和人才培养，注重教学和管理，是集临床、教学、科研为一体的消化疾病中心。
　　
消化内科现分7个专业学组，包括食管胃部疾病学组、大肠疾病学组、胰胆学组、胃肠动力学组、肝病学组、炎症性肠病学组和超声内镜学组。食管胃部疾病学组的主要研究方向是消化道早期癌的诊治研究；大肠疾病学组的主要研究方向是结直肠癌的个体化治疗、靶向治疗、耐药及转移相关基因/蛋白的研究，直肠癌的综合微创治疗；胰胆学组的主要研究方向是胆总管结石、胰管结石、梗阻性黄疸、胰胆肿瘤的诊治；胃肠动力学组的主要研究方向是功能性消化不良的个体化治疗，功能性和动力障碍性胃肠病的诊治；肝病学组的主要研究方向是慢性肝病的中西医结合综合治疗，清肝化瘀方治疗肝癌的目标基因的寻找及相关机制的研究，肝硬化、肝癌的早期诊断和筛查；炎症性肠病学组的主要研究方向是克罗恩病和溃疡性结肠炎的发病机制研究、个体化治疗和综合治疗的研究；超声内镜学组的主要研究方向是消化道肿瘤的浸润深度以及与淋巴结转移的相关性研究，超声内镜下穿刺检查及治疗。