1958年建院初期，根据核工业部指示，专门从上海、广州两市各大医院及上海市药检所、信谊药厂抽调一批年富力强、经验丰富的药学人才组成了药局。第一任药局主任由吴文旨担任。医院当时以基建为中心，开设了小门诊、小病房，并分期分批组织药学人员下厂矿，帮助职工医院工作。药局针对药品供应极端贫乏的状况，充分利用仅有的简陋设备，自力更生，研制了ATCH注射液、组织原料配制复合维生素B口服液、颠茄酊、橙皮酊、红汞、紫药水等品种，并通过医药公司渠道销往上海各大医院，支援国防建设。因科研创新成效显著，药局作为院技术革新先进集体出席了衡阳市科学技术积极分子代表大会。根据药局的技术力量和市场需求，医院曾指示创办拥有200名职工、以生产葡萄糖原料为主的药厂，终因灾荒年原料等问题而搁置。1962年，药局职工陆续派往广东省人民医院、广州中山医科大学附属医院、上海医科大学华山医院、苏州医学院附一医院等地的药剂科进修学习，提高业务水平。1964年5月，王儒林任药局主任。药局下设：西药调剂室、中药调剂室、普通制剂室、灭菌制剂室、药品检验室、中心摆药室、西药库、中药库，成立了以药检室牵头的全院性药品制剂质量监督网。1965年春，组织全局主要技术力量对灭菌制剂室进行了两项技术攻关，一是运用离子交换树脂经优化组合试制成功符合大输液生产的去离子水。二是运用液位差改进灌装流程，使输液生产效率提高12倍。当年医院承办附属护校，高浩挺、刘慧娟等药师兼任了药理学、医用拉丁文的教学。1968年，四川821厂组建职工医院，主任王儒林等调离。医院任命高浩挺、林顺分别担任药局主任、副主任。这期间重视教育培养新生力量，举办了中专药剂培训班，对青工进行轮训，这为1989年从药剂科分50%的技术力量创办燕恒制药厂提供了技术人才。七十年代，正值全国大搞中草药群众运动，为适应形势，药局成立了中草药制剂室，抽调人员组成采药队，前往兰山县、湘西、南岳等地采集，中药饮片加工室负责加工。自行设计安装薄膜浓缩装置、大型多功能提取装置提取黄芩甙、芦丁、生产喜树碱注射液、丁公藤注射液，甘草流浸膏、人参蜂王浆、板兰根糖浆等几十个品种。其时，南岳分院为了抢救危重矽肺结核病人，长期使用广谱抗菌素引起患者霉菌感染败血症，急需大蒜注射液，药局中草药制剂组人员经常连续突击赶制。鉴于市场上丙种球蛋白、白蛋白、ATP、辅酶A、转移因子等生物制剂十分缺乏，临床又十分需要的情况，药局林顺、岳勋宏、宋作太同志前去武汉生物制品研究所学习胎盘丙种球蛋白和白蛋白注射液的生产工艺，一个月后即成立生物制剂室筹备生产并很快取得成功，同时，还开展了ATP注射液的生产工艺研究并取得成功、投入批量生产。1975年11月，《药局大干快上争贡献》的经验材料在部卫生工作会议上交流。为了配合临床以及完成核工业安防卫生局下达的科研任务，同时配合衡阳地、市卫生局安排的科研协作专题，药局成立了药物研究室，先后完成了14项专题研究，其中“芦丁提取工艺研究”获1980年湖南省科技大会科技成果奖;“夜关门有效成分咳宁醇的分离鉴定和药理研究”，由衡阳地区卫生局组成的以高浩挺为组长、地区药检所郑昌平、袁巧玲为成员的协作组，以医药公司药品检验室和衡阳中药厂为研究基地共同完成，获1978年全国医药卫生科学大会科技成果奖;“桎木叶有效成份分离鉴定和药理研究”，由衡阳市卫生局组织的以高浩挺任组长、市药检所吴志道、市中心医院药剂科叶永琴为成员的协作组，以415医院药局药品检验室和市中心医院中草药制剂室为研究基地共同完成，获1980年湖南省科技大会科技成果奖、衡阳市科技成果一等奖;“临床用药商榷”一书由高浩挺完成撰写，获省药学会年会甲等奖;由郑宜法、高浩挺完成的“兰碘的研究”，用于全国首例铀烧伤取得成功。

1983年，药局更名为药剂科。1984年。核工业卫校增设药剂专业，高浩挺、马集维、林顺等参与了筹建工作。1986年，马集维任药剂科主任、林顺任副主任。其时，医院开始全面改革，药剂科制剂室随之实行独立核算，实行超额利润分成经济承包责任制。当年新增制剂产品6个、创产值33万、上交利润16万。在衡阳市卫生局组织的质量监查评比中，中药制剂室和灭菌制剂室均列第一。当年药剂科还承担了筹建燕恒制药厂的工作，并开始接收卫校药剂专业每年的实习带教任务。1989年，林顺任药剂科主任，秦后生任副主任。1991年，投资120万元，参照药厂GMP标准对制剂室进行了移址改建，建成面积达1400平方米制剂楼，引进最新型大输液生产联动线;重新组建制剂检验室，并开始采用鲎后法检测大输液热原，为适应医院临床诊断预防和治疗用药需要，编著《医院基本药物目录》和《医院处方药物手册》。完成的科研专题主要有：螺内酯片及胶囊的溶出度实验考察、氨基酸输液中微粒形成机理的实验研究、医院制备络合碘的工艺探讨、纳洛酮在临床麻醉中的应用和疗效观察等等。

1992年，制剂室在奖金分配制度上施行了改革，把个人奖金与工作职责挂钩，实行不同职责享受不同奖金等级，打破大锅饭的局面;科学管理上尝试技术评分制，每月根据个人技术表现给予一定技术评分，年底根据评分情况作出奖惩决定。1994年，秦后生任药剂科主任，刘莉萍任副主任。1995年7月，成立临床药学研究室并创办《临床药学通讯》，将合理用药宗旨贯穿到临床的各项工作中。1999年10月，刘莉萍任科主任，朱刚直任副主任。2000年，投资130万元，按国家药品监督管理局制订的医院制剂室GMP标准，对制剂室进行了改造，改建后的制剂室当年11月以最高分通过湖南省药品监督管理局验收，制剂产品由36种增加到80种。购置了多效蒸馏水器、多功能中药提取器等制剂生产的设备。改建后的制剂室实行全成本核算，定编13人。2000年11月起，医院药品实行了网上集中招标采购，实行网上交易的药品优惠价部分让利55%给患者。2002年在医院开展的争创“全国百姓放心医院”活动中、药剂科在药品包装上实行明码标价，让病人明明白白消费，深受病人的欢迎。2004年药房和药库药品价格和数量全面实行电脑化管理，2005年，医院投入20万元，更换了中西药门诊药房、病区药房的家具、空调和冰箱设施，药库内建了8平方米上的冷库，确保药品质量和病人用药的安全。与此同时，药房、药库还完善了工作人员的专业档案和健康档案，重要制度上墙，药房获得市“规范化药房”称号。

该科一直承担卫校的药学科目教学。2004年又承担了南华大学医学专科部药学专业课、护理和影像专业的药理教学工作。从2005年起刘莉萍、朱刚直、倪渊、李勇、梁光荣开始接受南华大学药学本科《生物药剂学与药物动力学》的理论和实践教学任务。2006年-2007年率先带教了南华大学8名药学本科生及河南中医药大学1名药学专业毕业生的毕业论文设计。2004年，医院成立了南华临床学院药学教研室，刘莉萍任主任，2005年12月医院主办了衡阳市临床药学专业委员会，刘莉萍当选为主任委员，李勇为秘书，朱刚直、梁光荣任委员。

2006年1月按照国家政策停止了大输液生产，对生产人员进行了合理分流，对现以普通制剂生产为主的制剂室签定了新的承包合同。同年，该科在开展用药咨询、临床查房以及治疗药物监测筹备工作的同时，还率先开始了探讨和实施临床药师培养模式，收效显著，2007年重新制定了《医疗处方质量考核品评分标准》及《临床抗菌药物应用考核评分标准》，每月对医师处方和出院病例进行合理用药考核，与医务部的医疗质量考核挂钩。重新编写了“医院处方集”，开展处方点评和药历书写工作。2007年2月，朱刚直任主任、李勇任副主任。2008年 月朱刚直调出，刘莉萍再任主任，李勇任副主任。医院并入南华大学以来的5年中，该科有23人利用业余时间或通过单位推荐提高了学历层次。

50年来，在一代又一代药学工作者的努力下，药学技术水平和服务质量不断提高，设备不断更新，业务收入不断攀升。药剂科现有职工37人，研究生学历1人，研究生结业2人，本科生学历18人，大专学历4人。其中主任药师1名，副主任药师4名，主管药师13名，药师14名，高级药工3名，中级药工1名，执业药师7名。现任主任刘莉萍、副主任李勇。科室设置有门诊西药房、门诊中药房，急诊药房、病区药房、传染科药房、中西药品仓库、制剂室、临床药学研究室。其中制剂室配有日本岛津UV—240IPC紫外分光光度计、日本JASCO高效液相色谱仪等设备，能生产大输液、普通制剂、中药制剂等100多个品种。临床药学研究室、药品仓库、门诊药房配备了电脑及药物不良反应(ADR)查询和抗菌药物合理应用电脑软件。