血液净化科拥有各型血液透析机、血滤机80台，连续性血液净化机3台（其中多功能人工肝1台），有3个独立的血液透析室，普通患者、乙肝病毒携带者、丙肝病毒携带者分别在各自的透析室进行血液透析，最大限度避免了血液传染病在血液透析患者间相互传播。沈阳军区总医院是我国最早从事血液净化治疗研究的医院之一，血液净化科是国内为数不多的、以尿毒症血液透析和血液净化相关技术为专业的成建制的血液净化专业科室。拥有血液净化专业病床30张，专业技术人员53人，学科带头人李旭主任为全军血液净化委员会委员。
　　科室致力于对尿毒症血液透析治疗长期并发症的防治，致力于改善尿毒症患者的生活质量，致力于延长尿毒症患者的生存寿命。先进的技术、一流的设备、优质的疗效赢得了广大患者的信赖。目前长期进行血液透析治疗患者达到260人，日均透析人数逾120人，维持血液透析治疗的患者，生存期最长的已达26年。
　　科室应用国际上最先进的水处理设备，制备出超纯透析水，采用桶装超纯透析浓缩液制成超纯透析液，在透析机上使用了毒素过滤器，有效避免内毒素进入滤器内。先进的透析设备为科室采用国际先进的高通量血液透析器??费森尤斯FX80开展高通量透析和超纯血液透析治疗提供了必要条件，使科室血液透析治疗质量达国内一流。
　　目前国内外已开展的血液净化技术绝大多数都可在科室进行，除了尿毒症血液透析外，同时开展非肾脏疾病的血液净化治疗技术：
　　（1）高通量血液透析、血液滤过、血液透析滤过、血液灌流、血浆置换（含双重滤过血浆置换）、免疫吸附（含胆红素吸附）、连续性肾脏替代治疗（CRRT）、人工肝脏支持治疗（ALSS）等；
　　（2）以CRRT为主的血液净化技术应用于急救、创伤、心脏外科、器官移植、呼吸、心血管、消化、神经内、外、多器官功能障碍综合症（MODS）等危、重症；
　　（3）解决血管通路问题方法多样，现在科室可行中心静脉穿刺置管术、多部位多术式人工动静脉内瘘成型术、移植血管内瘘成型术、人造血管置入术，透析用人造血管植入术为自身血管条件不好，难以建立自体动静脉人工内瘘的患者提供了可靠的永久透析血管通路，在建立透析血管通路技术领域居全国前列，处东北地区先进水平；
　　（4）率先在东北地区开展枸橼酸抗凝血液透析，用于伴有活动期或出血倾血液透析患者，率先开展阿加曲班抗凝治疗，用于血小板减少及抗凝酶3缺乏等凝血功能障碍的血液透析患者，在血液净化相关抗凝技术领域处东北地区领先地位。
　　血液净化科致力于提高血液透析质量，增加尿毒症患者的长期存活率，改善患者生存质量，力争将科室建设成为国际一流的血液净化中心。