中医科是上海市首批综合性医院示范中医科。上海第一人民医院中医科创建于1956年,经过几代中医人的共同努力,目前已经逐步发展成为中医内、外、妇等二级学科齐全,拥有中医教研室、中医脾胃病实验室（卫生局2级实验室）,医、教、研并举的中医综合性临床科室。上海第一人民医院中医科建设有上海市卫生局“张镜人首席名老中医工作室”,中医消化专业（脾胃病学科）为国家食品药品监督管理局认定的新药临床试验基地。科室技术力量雄厚,现有医生和医技人员30余人,其中高级职称人员20人,全国名老中医2名,硕士生导师4名。全科年门诊量12万余人次,年住院病人700余人次。
　　中医科重点研究方向有脾胃病、风湿病、慢性心肾疾病、肿瘤、糖尿病等。多年来先后开设慢性胃病、风湿病、消化道肿瘤、慢性肾炎、糖尿病、高血脂、冠心病、失眠等近10余个特色专病门诊,有专科特色院内制剂近20种。
　　中医科慢性胃炎（胃病）专科于1977年由全国名老中医张镜人教授领衔成立,迄今已历30余年,是上海市中医（中西医结合）慢性胃炎医疗协作中心组长单位,上海市中医慢性胃炎（胃病）特色专科建设单位,2007年专科又入选市级医院中医特色专科（专病）建设项目。专科诊治各种胃肠疾病,主攻萎缩性胃炎、胃癌前期病变,有治疗慢性胃肠病的系列自治制剂为患者服务。风湿病专科,应用现代免疫学技术进行诊断,科学地应用中西医结合治疗各类风湿疾病疗效显著。消化道肿瘤专科运用化疗和中药相结合,可以有效提高患者生存质量,延长生存期。慢性肾炎专科,综合运用中医清热解毒、祛风活血、补益肺脾肾、利水降浊等方法,对慢性肾炎、IgA肾病、早中期慢性肾功能不全等有较好的疗效。糖尿病专科,采用毓养肝肾活血通络的治则,滋养病变神经周围的血管,改善末稍血管血供,改善胰岛素抵抗,疗效确切。
　　中医妇科由全国名老中医蔡小荪教授领衔。以流传百年、斐声国内外的“蔡氏妇科”为学术渊源,辨症准,用药精,见效速是其特点。对月经失调、不孕症、子宫内膜异位症等疑难杂症的诊断和治疗有独到之处,颇具名望。
　　中医外科由知名中医外科专家周中介主任领衔。采用中药内服与外敷相结合、药物及传统手术相结合治疗肛肠疾病、乳腺疾病、以及伤口迟愈等疗效显著。
　　中医科重视科研和教学,先后承担国家级、省部级、局级科研项目多项并获成果鉴定。获得包括国家级科技进步奖三等奖、国家中医药管理局甲级成果奖及其它部局级科研奖励10余项。科室多年来还承担了上海中医药大学、南京医科大学、浙江大学医学院、复旦大学医学院、上海交通大学医学院临床教学工作,并培养了来自全国各地数十名进修医生。