肿瘤科成立于1994年，是上海市综合医院中最早设立的肿瘤专科之一，目前已成为医院重点发展发展的学科。随着肿瘤学科迅猛发展，2009年成立了肿瘤诊治中心，下设肿瘤内科、肿瘤放射治疗科、肿瘤微创综合治疗科、国家临床药物试验基地及肿瘤生物治疗中心，共有床位100余张。设有特需、专家、专病、放化疗及微创诊治联合门诊，主治各种实体瘤及难治性肿瘤。现在年住院人数近4000，年门诊人次超过12000。在不断发展过程中，形成了自己的特色，建立了上海交通大学胰腺癌诊治中心及专治病房，成立了临床肿瘤基因组检测中心，筹建了肿瘤生物治疗实验中心。目前共有医护人员近100名，其中医生30名，医技人员10名，拥有博士9名，硕士18名，科室行政主任王理伟，行政副主任赵国旗、陈栋晖、许奕、万智勇，教授、主任医师5名，副教授、副主任医（技）师7名。
　　肿瘤科诊治一站式服务：2009年医院成立肿瘤诊治中心，集肿瘤预防、诊断、规范化治疗和康复为一体，拥有直线加速器2台（其中包括最先进的VARIAN-RapidArc治疗系统）、超声聚焦治疗系统（HIFU刀）、微波治疗系统（微创射频消融治疗系统）、高频热疗系统、放射性粒子植入治疗系统、氩氦刀低温冷冻手术治疗系统、肿瘤基因组检测系统（ABI-320测序仪）：能够开展包括PET-CT检查、磁共振检查、CT检查、化学治疗、三维适形调强放疗、分子靶向治疗、外科手术治疗、肿瘤生物治疗、微创手术治疗、肿瘤基因检测等各种的肿瘤诊断和治疗技术。开设了多学科联合门诊，整合全院肿瘤诊治的优势资源，实行真正的肿瘤多学科综合治疗和个体化治疗，为肿瘤患者提供最科学的诊断治疗技术和最优质的一站式服务。依托“上海市胰腺癌重点实验室”“上海交通大学胰腺疾病治疗中心”和“临床肿瘤基因组检测中心”平台，中心在胰腺癌的临床治疗和基础研究、肿瘤个体化综合治疗以及肿瘤分子靶向治疗领域处于国内领先水平。中心还与美国的MD安德森肿瘤中心、肯塔基大学的Markey肿瘤中心建立了长期稳定的合作关系，在肿瘤临床诊治、科研和人才培养方面全面合作。
　　肿瘤科规范化治疗：我科是全上海综合性医院中最早制订肿瘤诊疗规范的单位之一。目前以中国肿瘤诊疗规范和指南为基础，结合我院特点，确保患者能够得到多学科规范的综合诊治。
　　肿瘤科个体化治疗：肿瘤的个体化治疗不仅是指临床治疗根据患者个体的基因、蛋白表达特点制定相应的治疗，还包括根据患者血药浓度调整药物剂量等。为此，肿瘤科联合中心实验室，积极开展多项基因蛋白组学检测，指导临床治疗方案的选择，同时还开展血药浓度测定，根据血药浓度调整用药剂量，提高了疗效，降低了毒副反应。
　　肿瘤科特色治疗技术：开展了三维适形调强放疗技术、超声聚焦治疗、肿瘤射频热疗、肿瘤微波治疗和肿瘤体内r-刀治疗等先进方法和技术，为患者提供了更多的医疗选择。肿瘤科国家临床新药试验基地：所有科室成员均已完成临床药物试验规范（GCP）培训并通过了考核。在临床新药试验实施过程中，严格遵守GCP原则，已完成和参与多项重要的国际多中心临床试验，近三年完成和正在开展32项临床新药试验，其中国际多中心临床试验10余项，使得我科的临床诊治水平与国际水平同步。
　　肿瘤科科研、基金及获奖情况：2003年成为上海交通大学肿瘤学硕士学位授权点。2008年成为上海交通大学肿瘤学博士学位授予点。承担国家自然基金项目、科技部支撑计划、上海市重大创新计划项目、上海市医学重大课题基金项目、上海市自然科学基金项目、上海市卫生局面上项目、上海市卫生局青年基金项目10余项，近年来共获得科研资助经费600余万；2人入选上海浦江人才计划，发表论文80余篇，参编专著9部。