眼科是上海视觉复明临床医学中心，上海市医学领先专业唯一的眼科重点学科，同时还是上海交通大学重点学科，卫生部华东地区白内障培训中心。上海市眼科研究所、上海市科委眼底病重点实验室等市级研究机构、上海交通大学眼科研究所设在于此，同时还是上海交通大学眼科学博士点、博士后流动站。
　　眼科在国内外创立过许多首例，在闻名遐迩的“东方一只眼”赵东生教授创导下，视网膜脱离手术达到国际领先地位。眼科现正全面向国际先进的眼科中心发展，在保持视网膜脱离诊治领先的前提下，在糖尿病性视网膜病变、老年性黄斑变性等眼新生血管性疾病独树一帜，开展包括国际最先进的抗新生血管、光动力疗法结合中西治疗等，还全面开展白内障超声乳化、青光眼、角膜移植、角巩膜移植修补、斜视弱视、屈光、美容等各种高难度的眼科手术。眼科拥有一批著名的专家教授，并有大批具有硕士、博士和博士后学历的技术骨干，硕士、博士生导师十余人。目前承担国家级继续医学教育项目“全国视网膜脱离学习班”、“全国糖尿病视网膜病变学习班”、“全国中西医结合眼底病诊治学习班”和“全国微创玻璃体视网膜手术新进展学习班”。
　　眼科在学科带头人许迅教授的带领下眼科正在为成为中国国内乃至亚洲最好的眼科医学中心而努力。眼科开放病床196张，其中特需病床36张，专用手术室7间，年门急诊量十余万人次，每年开展大型手术6000台，其中60%以上的疑难危重病人为外地转来，已成为全国最大的眼科中心之一。
　　眼科特色专科：复杂性视网膜脱离、糖尿病眼病、老年性黄斑变性、中西医结合眼底病、白内障。亚专科：眼底病外科、眼底病内科、白内障、眼表疾病、青光眼、小儿屈光泪道、视光学（准分子激光）和整形美容。先进设备：眼内窥镜手术系统、微创高速玻璃体显微切割设备、激光前房闪辉仪、光学相干眼底断层扫描诊断系统、视网膜测厚仪、多焦电生理诊断系统、角膜内皮计数及地形图诊断系统、HRT、HRF及ICG数字眼底视网膜脉络膜血管造影记录系统、VIP综合检查诊断系统、眼前段诊断分析系统、微视野仪、眼科图像诊断系统、免散瞳眼底相机、Omni多波长激光机及其它激光机4套、Zeiss显微镜4套、Moller显微镜1套等。
　　眼科研究所和眼底病重点实验室占地260m2，设分子生物、细胞学、显微手术实验室、功能学等7个实验室。配有倒置相差显微镜、活体显微镜、超低温冰箱、细胞培养箱、PCR仪等实验设备。