内分泌代谢科的历史悠久。早在上世纪50年代中期，胡远峰教授率先引进第一代磺脲类降糖药进行临床研究，内分泌代谢科由此孕育而生，上世纪70年代末先后成立了内分泌专业组、为开展胰岛移植实验研究而成立的生化免疫室，后更名为糖尿病研究室。1993年成立内分泌科，2005年成立骨质疏松科，2008年糖尿病研究室合并入内分泌科并更名为内分泌代谢科，2010骨质疏松科并入内分泌代谢科。内分泌代谢科是上海交通大学医学院的内科学（内分泌代谢专业）硕士及博士学位授予点，是医院最早培养研究生的专业之一及内分泌专业博士后培养基地，医院首批国家临床药理研究基地和规范化住院医师培训专科基地。
　　内分泌代谢科于1955年，由胡远峰主任率先在国内开展了磺脲类药物用于治疗糖尿病的临床研究，成文发表于《中华医学杂志》，在全国推广磺脲类药物的应用。上世纪七十年代，胡远峰教授带领医疗队在贵州开展了地方性甲状腺肿的调查与防治，为贵州省随后全面开展“地甲病”的防治工作做出关键性贡献。
　　内分泌代谢科在1978年起开展的“胰岛移植实验研究和临床应用”研究，在国内首先开展人胎胰岛移植治疗1型糖尿病，取得较好疗效。卫生部成立全国胰岛移植协作组，我院为组长单位。“胰岛移植实验研究和临床应用”获国家自然基金资助，相关研究成果获卫生部甲级科技成果奖，首届国家科技进步三等奖，上海市科技成果推广二等奖。此后的30年间，内分泌代谢科在人胎胰岛体外预处理、胰岛移植物质量鉴定方法、成人胰岛分离纯化方面等领域均开展了大量研究工作，先后参与完成了亚洲首例成人胰岛细胞移植和亚洲首例成人胰岛细胞-肾联合移植，取得良好临床疗效。
　　内分泌代谢科近20年来，在1型糖尿病的鉴别诊断和防治，甲亢眼病眼肌膜抗体检测，食盐碘化后甲状腺疾病谱的改变等领域均做了大量研究，结果获得同行认可。近年来有关代谢性炎症与胰岛素抵抗或肥胖以及细胞损伤和保护的热点问题研究上，形成了系列研究结果，课题组先后承担或完成了国家自然基金1项、国家自然科学基金（青年）3项、上海市科委重点项目3项及上海自然基金2项等课题。目前已发布研究论文30余篇，其中SCI论文6篇，2009获上海市22届优秀发明奖。
　　内分泌代谢科目前人员有在编医生24名，其中正高3名，副高7名，其中博士生导师1名，硕士生导师3名，具有博士学位8名，硕士学位11名。糖尿病研究室在编人员6名，其中正高2名（其中国家级终身教授1人），病区护士共34人，其中主管护师12名。1986年作为医院的首批硕士点，2004年批准为上海交通大学医学院博士点和博士后留动站，已培养博士后1名，博士生3名，硕士生19名。科室实行内分泌门诊、骨质疏松专科门诊、病房及南部医疗组长制保证了临床工作良好运转。现拥有固定病床56张，每年出院病人达1800人次，门诊病人近16万人次。