普通外科由肝胆胰外科、胃肠外科、移植外科、微创外科、乳腺外科、血管外科、头颈外科、腹壁外科、门急诊外科和外科营养10个专业组成。1963年与本院骨科合作共同完成世界上第一例断肢再植术，受到周总理等党和国家领导人的接见和嘉奖。开放床位数160张。

普通外科专业组以诊治复杂肝胆胰疾病为特色，尤其是对复杂胆道疾病、胆道损伤、肝癌、胆道和胰腺肿瘤手术及门静脉高压症等外科治疗都有丰富临床经验和良好疗效。胰腺肿瘤诊治在国内享有声誉，如胰头癌手术联合门静脉血管切除及血管重建;胰腺内分泌肿瘤和胰岛素瘤的诊治;在国内率先开展胰腺癌放射性碘125粒子植入治疗等。近年成立了移植外科，积极开展了临床肝脏和胰腺移植工作，完成的移植病例手术质量高，并发症少，费用合理，临床疗效显著。该专业为本院特色专科，设有博士后流动站、硕士和博士培养点，为上海交通大学胆道疾病诊治中心。

普通外科专业组主要从事胃肠良、恶性疾病的外科治疗，培养了我国第一个胃癌细胞株，率先开展了胃癌淋巴规范清扫的根治手术，胃癌治疗在同行中具有较高的学术地位。在全国率先开展消化道肿瘤术中放疗已有20年，提高了胃肠道肿瘤的疗效。近年来对胃肠疾病的营养支持治疗和研究也取得进展。对结直肠肿瘤尤其是直肠癌的保肛手术取得了良好的临床疗效，开展了腹腔镜下胃肠道肿瘤微创治疗，是上海率先开展经肛门结直肠肿瘤微创切除术(TEM)，也是上海交通大学大肠肿瘤诊治中心成员。

普通外科-微创外科有腹腔镜、胆道镜、腔镜下直肠手术设备和内窥乳腺导管镜等微创外科诊治器械，可行内镜下十二指肠乳头胰胆管造影、切开、置管引流和放置支架等，微创外科以手术创伤小，恢复快为主要特点。目前主要开展的手术有：胆囊切除术、阑尾切除术、肝脓肿引流术、结直肠肿瘤切除术、急性重症胰腺炎引流术、胃穿孔修补术、胃癌根治、甲状腺肿瘤切除、切口疝和腹壁疝修补术，肝脏部分切除和减肥手术等。在全国率先开展经乳晕单孔道甲状腺微创外科治疗，伤口小，恢复快，深受患者好评。是上海交通大学甲状腺疾病外科诊治中心。

普通外科-乳腺疾病是妇女常见的疾病，乳癌发病率逐年上升，目前已占女性恶性肿瘤发病率的第一位。外科乳腺专业包括乳腺疾病诊治中心门诊和专门病房。该专业诊治医师临床经验丰富，手术技巧娴熟，诊疗设施先进。乳腺外科实行门诊病房服务一条龙，形成多科室、多个专家协作诊治的特色，以最短的时间、最合理的费用使每一个病人得到最好的治疗。

普通外科-血管外科是传统的特色专业，20世纪60年代首创断肢小血管吻合法完成了世界上首例断肢再植手术，对腹主动脉瘤、动静脉瘘、血管外伤以及各种血管疾病的诊治在国内具有较高的学术地位。今年大量开展了各种血管疾病的微创疗法，90%以上的血管病采用微创小切口或无切口，无疤痕手术治愈，形成了鲜明的微创特色。例如，在全国率先开展了静脉曲张激光治疗，该方法无切口、恢复快，是静脉曲张患者的最佳选择，目前已治疗2000余例患者在国内位居第一。于国内首批开展了夹层动脉瘤，腹主动脉瘤的微创腔内修复术和糖尿病足(老烂脚)的综合修肢手术，对常见的下肢动脉缺血，血管性脑中风，各种血管病的微创手术也积累了丰富经验。改良或独创了多种微创手术技术，并获得5项国家专利。

普通外科规模开展颈部小切口和胸乳途径三孔、二孔或单孔的腔镜甲状腺与甲状旁腺手术，微创和美容效果好。对危重疑难复发甲状腺癌、巨大甲状腺肿、甲亢和甲旁亢的手术规范、经验丰富。开展甲状腺癌院内多科协作诊治，是交大甲状腺疾病诊治中心。规模开展各种术式的开放和腔镜腹股沟疝与腹壁切口疝手术，规范疗效好，并发症极低，对腹壁肿瘤切除重建也经验丰富，是交大疝与腹壁外科疾病诊治中心成员。