心胸外科成立于1984年，是济宁市重点学科，为我省地市级医院较早成立的心胸外科专业科室。心胸外科拥有主任医师、教授4名，副主任医师、副教授5人，医学博士2人，硕士 5人，副主任护师2人。心胸外科拥有目前国内最先进的医疗设备，总价值达2600余万元。心胸外科拥有开放床位50张，心外重症监护床6张。设有冠心病外科治疗研究室，食管疾病及肺外科疾病研究室。心胸外科是鲁西南地区心胸外科疾病治疗中心，并担负着山大医学院、泰山医学院、潍坊医学院、济宁医学院的临床教学工作。对心胸外科疾病的诊断及治疗始终处于领先地位。先后与北京阜外心血管病医院、北京大学第一医院、北京大学人民医院、解放军总医院、复旦大学中山医院、上海交通大学新华医院、山东大学齐鲁医院、山东省立医院、山东大学第二医院、同济大学附属上海肺科医院等积极合作，形成了稳固、积极的协作关系。心胸外科目前对肺部肿瘤、食管疾病、纵隔疾病、胸膜疾病治疗已形成常规治疗。在对肺癌、食管癌、胸腺瘤、自发性食管破裂、复杂胸部创伤的诊断与治疗方面积累了丰富的经验，可进行中心型肺癌的袖式切除、支气管和肺动脉的双袖式切除成型术、气管隆突的切除重建术;尤其是本科开展的胸腔镜辅助下对自发性气胸肺大泡切除术，周围型肺肿瘤、纵隔肿瘤切除术、食管平滑肌瘤切除术，贲门失弛症Hellers手术，慢支肺气肿(COPD)肺减容手术，手汗症的胸交感神经链切断，漏斗胸矫治等的微创治疗，手术时仅在胸壁上打2?3个1.5cm左右的小孔，具有创伤小、恢复快、疗效显著、美容和住院时间短等优点，取得了良好的治疗效果，受到社会的广泛好评。

自从上个世纪80年代初期开始开展体外循环心内直视手术，是山东省最早开展此类手术的市级医院，目前能进行脉导管未闭、房间隔缺损、室间隔缺损、肺动脉狭窄的介入封堵和常规修复手术，在对法洛氏四联症、右室双出口、心内膜垫缺损、三房心、肺静脉异位引流等复杂先天性心脏病的矫治方面积累了丰富的临床经验。二尖瓣、主动脉瓣以及联合瓣膜的置换手术已经是常规手术，可以开展主动脉窦瘤破裂修补、室壁瘤切除联合冠脉搭桥以及主动脉夹层动脉瘤的带瓣人造血管置换等手术。科室于2000年率先在鲁西南地区开展非体外循环下冠状动脉搭桥术手术，至今已成功完成手术500余例，处于山东省同级医院前列。于2006年率先开展心脏病合并心房颤动的术中心内膜/心外膜的射频消融治疗术，并取得了良好的疗效。1993年，心胸外科被评为济宁市重点学科，2003年被评为山东省特色专业科室。心胸外科秉承“以病人为中心，以质量为核心”的宗旨，不断强化医护服务水平，为复杂、严重、疑难病症的诊治提供保证。